25 Celtis sinensis

25.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.89vk92
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232008-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:27:18.331+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:28:01.715+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232008-230224095556074.zip
  Total records: 2440

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2440 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.5014 ymin: -35.828559 xmax: 158.5 ymax: 74.15
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,440 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 2     8e8 834a4794-… "F4242663-C… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 3     8e8 29d56be4-… "TAI220054"  Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 4     8e8 29d56be4-… "TAI249815"  Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 5     8e8 29d56be4-… "TAI256260"  Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 6     8e8 bf2a4bf0-… "http://dat… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 7     7e8 86185376-… "7cc6cda2-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 8     7e8 86185376-… "7c2bbaf6-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 9     7e8 86185376-… "7c0e28a6-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
10     7e8 86185376-… "7b4f456c-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
# ℹ 2,430 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 440 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Celtis sinensis dans le monde.

Figure 25.1: Occurrences de Celtis sinensis dans le monde.

25.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.002049180328
[1] 0.01147540984
[1] 0.7942622951

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Celtis sinensis dans la région d'endémisme.

Figure 25.2: Occurrence de Celtis sinensis dans la région d’endémisme.

25.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         804         1096           38 
[1] 43.44685243
Occurrence de Celtis sinensis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 25.3: Occurrence de Celtis sinensis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 842

25.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 842 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 101.585777 ymin: 21.728529 xmax: 140.983333 ymax: 40.2027
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 842 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… ""                  
 2     7e8 86185376-… "7cc6cda2-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 3     7e8 86185376-… "7c2bbaf6-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 4     7e8 86185376-… "7c0e28a6-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 5     7e8 86185376-… "7b4f456c-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 6     6e8 80fc4302-… "eaa55b68-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 7     6e8 80fc4302-… "eaa53386-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 8     6e8 80fc4302-… "eaa50c44-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
 9     6e8 80fc4302-… "eaa4e2f0-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
10     6e8 80fc4302-… "eaa4b9ba-f… Plantae Trach… Magn… Rosa… Canna… Celt… Celtis… "japonica"          
# ℹ 832 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

25.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Celtis sinensis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 25.4: Occurrence de Celtis sinensis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

25.2 Modélisation de la niche climatique

25.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 842, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 101.5858, 140.9833, 21.72853, 40.2027  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cesi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cesi

     825 presences,  0 true absences and  2526 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 4.804   Min.   :-43.408   Min.   :-14.95   Min.   :  27.25  
 1st Qu.:22.708   1st Qu.:-21.504   1st Qu.: 15.87   1st Qu.: 665.90  
 Median :28.220   Median : -4.748   Median : 21.44   Median : 848.58  
 Mean   :26.157   Mean   : -8.046   Mean   : 19.69   Mean   : 916.17  
 3rd Qu.:30.372   3rd Qu.:  3.634   3rd Qu.: 24.56   3rd Qu.:1279.46  
 Max.   :38.968   Max.   : 24.163   Max.   : 33.97   Max.   :1908.31  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :  10.0   Min.   :  8.818  
 1st Qu.: 202.5   1st Qu.: 49.400  
 Median : 419.0   Median : 77.559  
 Mean   : 480.6   Mean   : 77.225  
 3rd Qu.: 655.5   3rd Qu.:102.074  
 Max.   :3499.0   Max.   :164.346  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 25.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 5826, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 145.0208, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 25.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

25.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cesi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cesi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cesi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cesi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cesi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cesi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cesi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cesi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cesi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cesi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

25.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  611.0      99.848
2    cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  609.5      99.848
3   cesi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  505.0      97.879
4   cesi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  510.5      97.879
5 cesi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  331.0      98.182
6 cesi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  331.5      98.182
  specificity calibration validation evaluation
1      70.920       0.708      0.738         NA
2      70.920       0.835      0.819         NA
3      93.917       0.918      0.928         NA
4      94.065       0.990      0.985         NA
5      91.691       0.900      0.891         NA
6      91.840       0.988      0.992         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 25.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

25.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.197529
2 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.059831
3 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.001361
4 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.680961
5 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.244902
6 cesi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.175909
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 25.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 25.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

25.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 25.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

25.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cesi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

25.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cesi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cesi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  587.0      97.939      95.962
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  586.5      97.939      95.962
  calibration validation evaluation
1       0.939         NA         NA
2       0.994         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 25.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.107028
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.332833
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.079235
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.265509
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.259528
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.276354

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 25.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 25.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

25.3 Projections

25.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesi/current


sp.name : cesi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesi/cesi.AllModels.models.out )

models.projected : 
cesi_PA1_RUN1_GAM, cesi_PA1_RUN1_MARS, cesi_PA1_RUN1_MAXNET, cesi_PA1_RUN1_GBM, cesi_PA1_RUN1_ANN, cesi_PA1_RUN1_RF, cesi_PA2_RUN1_GAM, cesi_PA2_RUN1_MARS, cesi_PA2_RUN1_MAXNET, cesi_PA2_RUN1_GBM, cesi_PA2_RUN1_ANN, cesi_PA2_RUN1_RF, cesi_PA3_RUN1_GAM, cesi_PA3_RUN1_MARS, cesi_PA3_RUN1_MAXNET, cesi_PA3_RUN1_GBM, cesi_PA3_RUN1_ANN, cesi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 25.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 25.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesi/current


sp.name : cesi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesi/cesi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 25.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

25.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesi/cont_gre


sp.name : cesi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesi/cesi.AllModels.models.out )

models.projected : 
cesi_PA1_RUN1_GAM, cesi_PA1_RUN1_MARS, cesi_PA1_RUN1_MAXNET, cesi_PA1_RUN1_GBM, cesi_PA1_RUN1_ANN, cesi_PA1_RUN1_RF, cesi_PA2_RUN1_GAM, cesi_PA2_RUN1_MARS, cesi_PA2_RUN1_MAXNET, cesi_PA2_RUN1_GBM, cesi_PA2_RUN1_ANN, cesi_PA2_RUN1_RF, cesi_PA3_RUN1_GAM, cesi_PA3_RUN1_MARS, cesi_PA3_RUN1_MAXNET, cesi_PA3_RUN1_GBM, cesi_PA3_RUN1_ANN, cesi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 25.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 25.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesi/cont_gre


sp.name : cesi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesi/cesi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cesi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 25.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

25.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 25.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 25.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 25.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 25.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

25.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

25.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 25.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 25.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 25.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 25.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

25.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 159         245         292         284.5924    322         572   0      2000
 2 151         253         293         287.4768    339         523   126    2040
 3 146         229         278         272.6112    320         505   126    2060
 4 150         236         304         294.5099    355         570   126    2080
 5 144         233         286         282.6168    340         556   126    2100
 6 151         252         306         293.1401    350         507   245    2040
 7 149         209         302         291.7277    353         548   245    2060
 8 143         197         298         287.2477    361         465   245    2080
 9 141         195         287         269.5381    319         517   245    2100
10 153         255         293         287.4115    338         541   370    2040
11 142         202         285         277.7685    336         538   370    2060
12 138         194         278         256.1134    300         395   370    2080
13 139         183         196         222.9912    281         434   370    2100
14 153         255         300         292.1634    346         572   585    2040
15 143         197         292         284.8564    358         550   585    2060
16 142         195         242         248.4968    310         500   585    2080
17 140         155         178         177.5318    197         337   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 25.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.