30 Catalpa bignonioides

30.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.29c8mt
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232038-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:42:57.747+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:43:45.617+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232038-230224095556074.zip
  Total records: 3477

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 3370 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.6283 ymin: -43.644597 xmax: 175.290393 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 3,370 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 2    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 4    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 5    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 7    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
# ℹ 3,360 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 3 370 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Catalpa bignonioides dans le monde.

Figure 30.1: Occurrences de Catalpa bignonioides dans le monde.

30.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.7994065282
[1] 0.1931750742
[1] 0.003857566766

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d'endémisme.

Figure 30.2: Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d’endémisme.

30.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       2030 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        353 
                                                    CC0_1_0 
                                                         67 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         58 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        159 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         27 
[1] 84.74387528
Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 30.3: Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 2283

30.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 2283 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.837101 ymin: 36.63 xmax: 44.542442 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,283 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 38b4c89f-… "urn:lsid:a… Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
10     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Lami… Bigno… Cata… Catalp… ""                  
# ℹ 2,273 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

30.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 30.4: Occurrence de Catalpa bignonioides dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

30.2 Modélisation de la niche climatique

30.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 2283, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.837101, 44.54244, 36.63, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cabi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cabi

     2281 presences,  0 true absences and  6828 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 2.292   Min.   :-21.856   Min.   :-13.553   Min.   : 246.0  
 1st Qu.:20.880   1st Qu.: -8.692   1st Qu.:  9.567   1st Qu.: 639.0  
 Median :23.724   Median : -3.152   Median : 13.991   Median : 735.7  
 Mean   :24.988   Mean   : -4.207   Mean   : 12.916   Mean   : 762.7  
 3rd Qu.:27.972   3rd Qu.:  0.750   3rd Qu.: 16.892   3rd Qu.: 897.9  
 Max.   :44.640   Max.   : 12.032   Max.   : 24.841   Max.   :1353.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   4.0   Min.   :  8.283  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 22.164  
 Median : 215.0   Median : 31.104  
 Mean   : 221.9   Mean   : 35.223  
 3rd Qu.: 253.0   3rd Qu.: 40.351  
 Max.   :1184.0   Max.   :120.679  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 30.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 15973, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 30.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

30.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cabi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cabi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cabi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cabi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cabi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cabi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cabi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cabi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cabi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cabi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

30.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  747.0      92.329
2    cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  752.0      92.110
3   cabi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  475.0      95.397
4   cabi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  484.5      95.288
5 cabi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  359.0      95.507
6 cabi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  358.5      95.507
  specificity calibration validation evaluation
1      66.210       0.585      0.591         NA
2      66.758       0.799      0.801         NA
3      84.775       0.802      0.779         NA
4      84.995       0.950      0.939         NA
5      85.542       0.810      0.796         NA
6      85.542       0.956      0.949         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 30.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

30.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.135013
2 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.426178
3 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.038419
4 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.259828
5 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.002938
6 cabi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.076357
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 30.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 30.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

30.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 30.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

30.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cabi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

30.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cabi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cabi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  598.0      97.194      92.355
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  595.5      97.326      92.282
  calibration validation evaluation
1       0.896         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 30.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.268079
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.388262
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.135820
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.300859
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.231966
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.254590

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 30.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 30.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

30.3 Projections

30.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabi/current


sp.name : cabi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabi/cabi.AllModels.models.out )

models.projected : 
cabi_PA1_RUN1_GAM, cabi_PA1_RUN1_MARS, cabi_PA1_RUN1_MAXNET, cabi_PA1_RUN1_GBM, cabi_PA1_RUN1_ANN, cabi_PA1_RUN1_RF, cabi_PA2_RUN1_GAM, cabi_PA2_RUN1_MARS, cabi_PA2_RUN1_MAXNET, cabi_PA2_RUN1_GBM, cabi_PA2_RUN1_ANN, cabi_PA2_RUN1_RF, cabi_PA3_RUN1_GAM, cabi_PA3_RUN1_MARS, cabi_PA3_RUN1_MAXNET, cabi_PA3_RUN1_GBM, cabi_PA3_RUN1_ANN, cabi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 30.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 30.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabi/current


sp.name : cabi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabi/cabi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 30.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

30.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabi/cont_gre


sp.name : cabi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabi/cabi.AllModels.models.out )

models.projected : 
cabi_PA1_RUN1_GAM, cabi_PA1_RUN1_MARS, cabi_PA1_RUN1_MAXNET, cabi_PA1_RUN1_GBM, cabi_PA1_RUN1_ANN, cabi_PA1_RUN1_RF, cabi_PA2_RUN1_GAM, cabi_PA2_RUN1_MARS, cabi_PA2_RUN1_MAXNET, cabi_PA2_RUN1_GBM, cabi_PA2_RUN1_ANN, cabi_PA2_RUN1_RF, cabi_PA3_RUN1_GAM, cabi_PA3_RUN1_MARS, cabi_PA3_RUN1_MAXNET, cabi_PA3_RUN1_GBM, cabi_PA3_RUN1_ANN, cabi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 30.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 30.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cabi/cont_gre


sp.name : cabi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cabi/cabi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cabi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cabi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 30.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

30.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 30.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 30.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 30.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 30.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

30.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

30.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 30.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 30.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 30.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 30.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

30.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 187         415         644         583.3561    724         865   0      2000
 2 217         393         709         609.3175    754         852   126    2040
 3 226         375         686         583.0163    744         873   126    2060
 4 221         402         713         608.2796    773         867   126    2080
 5 228         390         693         591.6286    745         860   126    2100
 6 220         392         715         607.8639    750         850   245    2040
 7 218         380         635         565.7842    741         837   245    2060
 8 239         372         501         535.9250    727         833   245    2080
 9 230         313         411         465.4916    599         830   245    2100
10 217         385         695         593.7839    741         844   370    2040
11 225         375         641         560.6127    732         860   370    2060
12 220         288         362         417.2431    524         823   370    2080
13 189         228         259         269.5836    301         727   370    2100
14 225         405         731         622.6408    773         866   585    2040
15 230         378         554         548.2461    732         828   585    2060
16 194         244         282         308.3759    353         776   585    2080
17 117         158         181         195.2714    224         400   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 30.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.