38 Pinus nigra

38.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.c26btk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232084-230224095556074
  Created: 2023-05-11T07:01:06.967+00:00
  Modified: 2023-05-11T07:02:35.922+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232084-230224095556074.zip
  Total records: 50436

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 50346 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.466677 ymin: -46.343 xmax: 176.223587 ymax: 67.296496
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 50,346 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 2    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 3    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 4    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 5    3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 6    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 7    3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 8    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
 9    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10    3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 50,336 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 50 346 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus nigra dans le monde.

Figure 38.1: Occurrences de Pinus nigra dans le monde.

38.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9935049458
[1] 0.003535534104
[1] 3.972510229e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus nigra dans la région d'endémisme.

Figure 38.2: Occurrence de Pinus nigra dans la région d’endémisme.

38.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      35999 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       6156 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1722 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       5231 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        614 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        297 
[1] 77.23465083
Occurrence de Pinus nigra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 38.3: Occurrence de Pinus nigra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 38632

38.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.057541 ymin: 34.918663 xmax: 38.7545 ymax: 67.296496
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    4 e8 857aa892-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 2    2 e9 4ebe5835-… "511742a5-f… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 3    2 e9 8c3e7db0-… "THU0000200… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "laricio"           
 4    2 e9 67fabcac-… "14850747"   Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 5    3.e9 e5f16d86-… "f6f6bda2-9… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "corsicana"         
 6    2 e9 0d8cc344-… "96e4a104-8… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 7    3.e9 e5f16d86-… "3ace523e-d… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 8    2 e9 86306e4b-… "ee37cc06-0… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … "nigra"             
 9    1.e7 857aa892-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
10    1 e9 740df67d-… "9D546BE4-2… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

38.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus nigra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 38.4: Occurrence de Pinus nigra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

38.2 Modélisation de la niche climatique

38.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.057541, 38.7545, 34.91866, 67.2965  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pini Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pini

     24967 presences,  0 true absences and  72862 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.224   Min.   :-22.000   Min.   :-14.857   Min.   : 182.8  
 1st Qu.:20.516   1st Qu.: -8.712   1st Qu.:  8.321   1st Qu.: 610.0  
 Median :24.080   Median : -2.440   Median : 12.247   Median : 717.1  
 Mean   :25.052   Mean   : -4.003   Mean   : 11.868   Mean   : 751.5  
 3rd Qu.:28.128   3rd Qu.:  0.896   3rd Qu.: 15.849   3rd Qu.: 895.9  
 Max.   :46.104   Max.   : 11.948   Max.   : 26.344   Max.   :1394.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.688  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 22.320  
 Median : 219.0   Median : 30.740  
 Mean   : 222.6   Mean   : 35.161  
 3rd Qu.: 267.0   3rd Qu.: 40.120  
 Max.   :1251.0   Max.   :122.887  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 38.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174868, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.47917, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 38.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

38.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pini_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pini_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pini_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pini Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pini_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pini_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pini_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pini_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pini_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pini_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

38.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  545.0      97.627
2    pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  555.5      97.547
3   pini_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  528.0      95.124
4   pini_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  533.5      95.059
5 pini_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  384.0      94.448
6 pini_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  383.5      94.448
  specificity calibration validation evaluation
1      57.755       0.554      0.558         NA
2      57.905       0.693      0.690         NA
3      87.695       0.828      0.841         NA
4      87.815       0.960      0.965         NA
5      88.645       0.831      0.843         NA
6      88.645       0.957      0.962         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 38.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

38.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.243383
2 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.210225
3 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.022908
4 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.475887
5 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.018488
6 pini_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.051990
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 38.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 38.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

38.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 38.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

38.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pini

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pini_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

38.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pini_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pini_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  480.0      98.053      90.774
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  481.5      98.021      90.820
  calibration validation evaluation
1       0.888         NA         NA
2       0.990         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 38.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.089536
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.139722
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.024457
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.462256
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.069291
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.093399

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 38.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 38.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

38.3 Projections

38.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pini/current


sp.name : pini

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pini/pini.AllModels.models.out )

models.projected : 
pini_PA1_RUN1_GAM, pini_PA1_RUN1_MARS, pini_PA1_RUN1_MAXNET, pini_PA1_RUN1_GBM, pini_PA1_RUN1_RF, pini_PA2_RUN1_GAM, pini_PA2_RUN1_MARS, pini_PA2_RUN1_MAXNET, pini_PA2_RUN1_GBM, pini_PA2_RUN1_RF, pini_PA3_RUN1_GAM, pini_PA3_RUN1_MARS, pini_PA3_RUN1_MAXNET, pini_PA3_RUN1_GBM, pini_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 38.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 38.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pini/current


sp.name : pini

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pini/pini.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pini_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 38.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

38.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pini/cont_gre


sp.name : pini

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pini/pini.AllModels.models.out )

models.projected : 
pini_PA1_RUN1_GAM, pini_PA1_RUN1_MARS, pini_PA1_RUN1_MAXNET, pini_PA1_RUN1_GBM, pini_PA1_RUN1_RF, pini_PA2_RUN1_GAM, pini_PA2_RUN1_MARS, pini_PA2_RUN1_MAXNET, pini_PA2_RUN1_GBM, pini_PA2_RUN1_RF, pini_PA3_RUN1_GAM, pini_PA3_RUN1_MARS, pini_PA3_RUN1_MAXNET, pini_PA3_RUN1_GBM, pini_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 38.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 38.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pini/cont_gre


sp.name : pini

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pini/pini.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pini_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pini_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 38.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

38.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 38.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 38.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 38.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 38.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

38.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

38.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 38.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 38.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 38.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 38.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

38.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 264         629         719         677.95060   761         856   0      2000
 2 114         434         633         569.27407   732         837   126    2040
 3  91         356         576         513.40629   675         819   126    2060
 4 100         367         565         521.24673   688         825   126    2080
 5 141         383         587         538.13111   712         810   126    2100
 6 118         429         620         567.38291   741         835   245    2040
 7  84         276         475         446.63738   611         792   245    2060
 8  75         222         425         420.12041   596         779   245    2080
 9  69         157         319         340.41401   526         726   245    2100
10  91         399         597         535.53906   681         824   370    2040
11  79         283         492         460.12472   615         800   370    2060
12  67         130         261         305.49051   498         739   370    2080
13  55          71          85         110.29002   133         414   370    2100
14 109         412         594         545.64711   698         826   585    2040
15  74         197         397         392.30205   578         754   585    2060
16  57          77          99         144.39294   193         483   585    2080
17  42          51          59          60.87859    70         115   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 38.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.