138 Ginkgo biloba

138.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.xr66ut
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252565-230224095556074
  Created: 2023-05-20T16:37:19.828+00:00
  Modified: 2023-05-20T16:38:32.074+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252565-230224095556074.zip
  Total records: 51940

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2180 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -159.669 ymin: -39.911376 xmax: 176.242722 ymax: 79
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,180 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 3     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 5     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 6     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 7     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 9     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
# ℹ 2,170 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 180 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Ginkgo biloba dans le monde.

Figure 138.1: Occurrences de Ginkgo biloba dans le monde.

138.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.6032110092
[1] 0.1862385321
[1] 0.1963302752

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d'endémisme.

Figure 138.2: Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d’endémisme.

138.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        773 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        242 
                                                    CC0_1_0 
                                                         35 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                        113 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        147 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          5 
[1] 73.00380228
Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 138.3: Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 960

138.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 960 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.512842 ymin: 37.87 xmax: 39.742677 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 960 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Gink… Gink… Ginkg… Gink… Ginkgo… ""                  
# ℹ 950 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

138.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 138.4: Occurrence de Ginkgo biloba dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

138.2 Modélisation de la niche climatique

138.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 960, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.512842, 39.74268, 37.87, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gibi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  gibi

     960 presences,  0 true absences and  2877 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 6.852   Min.   :-21.816   Min.   :-9.363   Min.   : 311.7  
 1st Qu.:20.720   1st Qu.: -8.388   1st Qu.: 9.187   1st Qu.: 625.8  
 Median :23.352   Median : -2.344   Median :13.909   Median : 718.6  
 Mean   :24.896   Mean   : -3.951   Mean   :12.778   Mean   : 751.9  
 3rd Qu.:28.016   3rd Qu.:  1.144   3rd Qu.:16.747   3rd Qu.: 892.5  
 Max.   :44.696   Max.   : 10.000   Max.   :23.269   Max.   :1302.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   5.0   Min.   :  8.046  
 1st Qu.: 178.0   1st Qu.: 20.233  
 Median : 213.0   Median : 30.211  
 Mean   : 215.9   Mean   : 34.399  
 3rd Qu.: 249.0   3rd Qu.: 39.343  
 Max.   :1152.0   Max.   :120.602  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 138.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 6720, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -9.645833, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 138.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

138.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for gibi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gibi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for gibi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= gibi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  gibi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- gibi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  gibi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- gibi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  gibi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- gibi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

138.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  606.0      94.401
2    gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  598.0      94.661
3   gibi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  466.0      92.708
4   gibi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  620.5      88.021
5 gibi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  366.0      96.094
6 gibi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  368.5      96.094
  specificity calibration validation evaluation
1      60.807       0.553      0.547         NA
2      60.677       0.718      0.701         NA
3      84.115       0.771      0.833         NA
4      89.193       0.953      0.955         NA
5      84.115       0.802      0.839         NA
6      84.505       0.952      0.954         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 138.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

138.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.283429
2 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.346223
3 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.014706
4 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.258028
5 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.022896
6 gibi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.072372
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 138.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 138.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

138.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 138.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

138.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : gibi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gibi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

138.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gibi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gibi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  549.0      95.104      91.137
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  586.5      93.646      92.631
  calibration validation evaluation
1       0.862         NA         NA
2       0.983         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 138.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.127988
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.243791
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.036436
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.426878
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.111260
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.159831

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 138.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 138.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

138.3 Projections

138.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gibi/current


sp.name : gibi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gibi/gibi.AllModels.models.out )

models.projected : 
gibi_PA1_RUN1_GAM, gibi_PA1_RUN1_MARS, gibi_PA1_RUN1_MAXNET, gibi_PA1_RUN1_GBM, gibi_PA1_RUN1_ANN, gibi_PA1_RUN1_RF, gibi_PA2_RUN1_GAM, gibi_PA2_RUN1_MARS, gibi_PA2_RUN1_MAXNET, gibi_PA2_RUN1_GBM, gibi_PA2_RUN1_RF, gibi_PA3_RUN1_GAM, gibi_PA3_RUN1_MARS, gibi_PA3_RUN1_MAXNET, gibi_PA3_RUN1_GBM, gibi_PA3_RUN1_ANN, gibi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 138.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 138.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gibi/current


sp.name : gibi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gibi/gibi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gibi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 138.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

138.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gibi/cont_gre


sp.name : gibi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gibi/gibi.AllModels.models.out )

models.projected : 
gibi_PA1_RUN1_GAM, gibi_PA1_RUN1_MARS, gibi_PA1_RUN1_MAXNET, gibi_PA1_RUN1_GBM, gibi_PA1_RUN1_ANN, gibi_PA1_RUN1_RF, gibi_PA2_RUN1_GAM, gibi_PA2_RUN1_MARS, gibi_PA2_RUN1_MAXNET, gibi_PA2_RUN1_GBM, gibi_PA2_RUN1_RF, gibi_PA3_RUN1_GAM, gibi_PA3_RUN1_MARS, gibi_PA3_RUN1_MAXNET, gibi_PA3_RUN1_GBM, gibi_PA3_RUN1_ANN, gibi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 138.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 138.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/gibi/cont_gre


sp.name : gibi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/gibi/gibi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
gibi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, gibi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 138.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

138.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 138.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 138.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 138.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 138.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

138.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

138.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 138.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 138.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 138.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 138.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

138.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 146         441         640         598.9363    747         819   0      2000
 2 189         429         654         593.3709    745         814   126    2040
 3 196         400         619         566.5797    718         808   126    2060
 4 200         396         615         563.7370    718         801   126    2080
 5 193         409         619         570.3805    719         808   126    2100
 6 203         434         665         597.6499    746         812   245    2040
 7 183         368         570         528.3753    674         798   245    2060
 8 206         372         563         533.0656    680         790   245    2080
 9 212         346         494         483.6461    615         763   245    2100
10 178         405         624         570.8762    726         807   370    2040
11 203         382         589         546.3646    691         802   370    2060
12 215         339         471         469.2036    593         774   370    2080
13 129         223         269         271.2041    315         559   370    2100
14 192         412         636         577.0032    733         810   585    2040
15 197         364         566         526.1662    670         779   585    2060
16 160         235         302         307.1478    373         613   585    2080
17  85         177         211         201.6903    228         315   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 138.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.