149 Mespilus germanica

149.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.44rhxk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252634-230224095556074
  Created: 2023-05-20T17:38:45.083+00:00
  Modified: 2023-05-20T17:39:44.250+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252634-230224095556074.zip
  Total records: 26816

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 26816 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.611628 ymin: -37.8167 xmax: 144.9667 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 26,816 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
# ℹ 26,806 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 26 816 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Mespilus germanica dans le monde.

Figure 149.1: Occurrences de Mespilus germanica dans le monde.

149.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9983218974
[1] 0.0005966587112
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Mespilus germanica dans la région d'endémisme.

Figure 149.2: Occurrence de Mespilus germanica dans la région d’endémisme.

149.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      17626 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       8012 
                                                    CC0_1_0 
                                                       1034 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         69 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         22 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          8 
[1] 69.81435135
Occurrence de Mespilus germanica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 149.3: Occurrence de Mespilus germanica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 18690

149.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 18690 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.004078 ymin: 36.14 xmax: 46.767161 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 18,690 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      9e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 2      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 3      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Mesp… Mespil… ""                  
# ℹ 18,680 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

149.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Mespilus germanica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 149.4: Occurrence de Mespilus germanica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

149.2 Modélisation de la niche climatique

149.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 18690, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.004078, 46.76716, 36.14, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mege Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  mege

     18668 presences,  0 true absences and  54902 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.076   Min.   :-12.087   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.86   1st Qu.: -8.688   1st Qu.:  7.887   1st Qu.: 579.6  
 Median :24.14   Median : -1.396   Median : 12.337   Median : 716.3  
 Mean   :25.07   Mean   : -3.673   Mean   : 11.937   Mean   : 741.8  
 3rd Qu.:27.89   3rd Qu.:  1.428   3rd Qu.: 16.009   3rd Qu.: 896.2  
 Max.   :45.38   Max.   : 12.300   Max.   : 25.766   Max.   :1394.1  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   5.0   Min.   :  4.63  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 19.20  
 Median : 214.0   Median : 30.13  
 Mean   : 216.3   Mean   : 33.76  
 3rd Qu.: 247.0   3rd Qu.: 39.06  
 Max.   :1216.0   Max.   :124.09  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 149.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 130742, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 149.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

149.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for mege_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mege_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mege_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mege Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  mege_PA1 


-=-=-=--=-=-=- mege_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  mege_PA2 


-=-=-=--=-=-=- mege_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  mege_PA3 


-=-=-=--=-=-=- mege_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

149.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  727.0      96.049
2    mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  720.5      96.223
3   mege_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  514.0      96.397
4   mege_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  516.5      96.377
5 mege_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  368.0      95.748
6 mege_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  369.5      95.728
  specificity calibration validation evaluation
1      67.442       0.635      0.642         NA
2      67.335       0.755      0.760         NA
3      91.847       0.882      0.887         NA
4      91.894       0.976      0.979         NA
5      92.703       0.885      0.885         NA
6      92.770       0.976      0.978         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 149.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

149.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.423669
2 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.053935
3 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.016288
4 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.489937
5 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.081045
6 mege_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.039058
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 149.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 149.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

149.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 149.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

149.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : mege

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mege_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

149.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mege_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mege_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  566.0      96.706      94.946
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  556.5      96.834      94.833
  calibration validation evaluation
1       0.917         NA         NA
2       0.993         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 149.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.154254
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.172506
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.026843
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.161604
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.089230
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.198353

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 149.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 149.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

149.3 Projections

149.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mege/current


sp.name : mege

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mege/mege.AllModels.models.out )

models.projected : 
mege_PA1_RUN1_GAM, mege_PA1_RUN1_MARS, mege_PA1_RUN1_MAXNET, mege_PA1_RUN1_GBM, mege_PA1_RUN1_RF, mege_PA2_RUN1_GAM, mege_PA2_RUN1_MARS, mege_PA2_RUN1_MAXNET, mege_PA2_RUN1_GBM, mege_PA2_RUN1_RF, mege_PA3_RUN1_GAM, mege_PA3_RUN1_MARS, mege_PA3_RUN1_MAXNET, mege_PA3_RUN1_GBM, mege_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 149.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 149.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mege/current


sp.name : mege

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mege/mege.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mege_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 149.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

149.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mege/cont_gre


sp.name : mege

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mege/mege.AllModels.models.out )

models.projected : 
mege_PA1_RUN1_GAM, mege_PA1_RUN1_MARS, mege_PA1_RUN1_MAXNET, mege_PA1_RUN1_GBM, mege_PA1_RUN1_RF, mege_PA2_RUN1_GAM, mege_PA2_RUN1_MARS, mege_PA2_RUN1_MAXNET, mege_PA2_RUN1_GBM, mege_PA2_RUN1_RF, mege_PA3_RUN1_GAM, mege_PA3_RUN1_MARS, mege_PA3_RUN1_MAXNET, mege_PA3_RUN1_GBM, mege_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 149.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 149.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mege/cont_gre


sp.name : mege

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mege/mege.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mege_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mege_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 149.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

149.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 149.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 149.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 149.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 149.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

149.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

149.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 149.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 149.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 149.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 149.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

149.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 117         464         557         569.8914    703         835   0      2000
 2 273         479         667         621.7097    741         823   126    2040
 3 296         465         624         600.6820    725         814   126    2060
 4 290         446         618         590.4571    713         810   126    2080
 5 304         486         670         615.2427    729         808   126    2100
 6 327         486         692         631.7466    754         819   245    2040
 7 291         434         560         560.6072    691         784   245    2060
 8 361         441         513         554.2440    689         790   245    2080
 9 309         435         472         514.9792    603         734   245    2100
10 265         469         625         605.4282    730         826   370    2040
11 308         450         582         580.7288    708         792   370    2060
12 355         437         464         505.5670    561         732   370    2080
13 181         365         392         384.3783    416         560   370    2100
14 285         448         633         596.4904    715         809   585    2040
15 340         434         532         550.3782    683         761   585    2060
16 185         370         396         393.5812    422         606   585    2080
17 153         264         299         304.3503    347         431   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 149.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.