227 Quercus rotundifolia

227.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.zsx6dv
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0260971-230224095556074
  Created: 2023-05-25T13:02:16.028+00:00
  Modified: 2023-05-25T13:07:19.530+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0260971-230224095556074.zip
  Total records: 152828

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 152828 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -121.763611 ymin: 29.077567 xmax: 11.0425 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 152,828 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
 *    <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3031847660 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 2873794390 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 3031624034 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 3320838386 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 3039203452 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 3383848574 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 2873843402 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 3044640784 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 2826373336 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 3031661565 50c9509d-22c7-4a… https://www… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 152,818 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

Il y a 152 828 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus rotundifolia dans le monde.

Figure 227.1: Occurrences de Quercus rotundifolia dans le monde.

227.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9999934567
[1] 6.543303583e-06
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d'endémisme.

Figure 227.2: Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d’endémisme.

227.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
      132196        20609           22 
[1] 86.51481741
Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 227.3: Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 132218

227.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.21101 ymin: 32.802222 xmax: 10.671 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
       gbifID datasetKey        occurrenceID kingdom phylum class order family genus species
      <int64> <chr>             <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>  
 1 3401375430 cfac873c-696e-4a… 4327e966-96… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 2 3403026221 0fe87daf-ed3c-45… 0863e014-f4… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 3 3402033504 7dccad9d-1339-4a… 7dd0b78f-c2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 4 3402677271 7dccad9d-1339-4a… b0c9824a-cd… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 5 3401556170 cfac873c-696e-4a… e6fed221-a2… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 6 3402611298 7dccad9d-1339-4a… 8f6563e2-78… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 7 3401207634 cfac873c-696e-4a… aa6144ec-41… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 8 3402548707 7dccad9d-1339-4a… 5c80d0e2-24… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
 9 3401504453 cfac873c-696e-4a… bc24b5ba-8e… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
10 3401400029 cfac873c-696e-4a… 5ad4f4be-98… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu…
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 41 more variables: infraspecificEpithet <chr>, taxonRank <chr>, scientificName <chr>,
#   verbatimScientificName <chr>, verbatimScientificNameAuthorship <chr>,
#   countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>,
#   individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, …

227.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 227.4: Occurrence de Quercus rotundifolia dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

227.2 Modélisation de la niche climatique

227.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.21101, 10.671, 32.80222, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qurt Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  qurt

     25000 presences,  0 true absences and  73005 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 2.272   Min.   :-22.084   Min.   :-12.31   Min.   : 204.6  
 1st Qu.:21.020   1st Qu.: -8.692   1st Qu.: 10.30   1st Qu.: 545.9  
 Median :27.756   Median : -0.408   Median : 11.71   Median : 712.6  
 Mean   :26.938   Mean   : -2.454   Mean   : 12.17   Mean   : 731.0  
 3rd Qu.:31.820   3rd Qu.:  4.824   3rd Qu.: 15.44   3rd Qu.: 894.4  
 Max.   :45.856   Max.   : 12.400   Max.   : 26.03   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.845  
 1st Qu.: 182.0   1st Qu.: 29.703  
 Median : 228.0   Median : 39.128  
 Mean   : 221.4   Mean   : 44.867  
 3rd Qu.: 260.0   3rd Qu.: 60.257  
 Max.   :1261.0   Max.   :123.656  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 227.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 175000, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 227.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

227.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for qurt_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qurt_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for qurt_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= qurt Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  qurt_PA1 


-=-=-=--=-=-=- qurt_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  qurt_PA2 


-=-=-=--=-=-=- qurt_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  qurt_PA3 


-=-=-=--=-=-=- qurt_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

227.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  990.0      99.985
2    qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  999.5      99.975
3   qurt_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  566.0      99.360
4   qurt_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  570.0      99.360
5 qurt_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  367.0      99.330
6 qurt_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  344.5      99.640
  specificity calibration validation evaluation
1      70.580       0.706      0.707         NA
2      70.625       0.853      0.854         NA
3      98.985       0.983      0.983         NA
4      98.990       0.999      0.999         NA
5      98.735       0.981      0.983         NA
6      98.445       0.999      0.999         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 227.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

227.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.664399
2 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.024903
3 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004090
4 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.354988
5 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.008600
6 qurt_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.090235
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 227.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 227.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

227.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 227.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

227.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : qurt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qurt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

227.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qurt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qurt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  506.0      99.788      99.507
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  505.5      99.788      99.507
  calibration validation evaluation
1       0.993         NA         NA
2       1.000         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 227.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.136500
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.116358
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.068248
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.271631
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.144040
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.159614

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 227.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 227.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

227.3 Projections

227.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qurt/current


sp.name : qurt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qurt/qurt.AllModels.models.out )

models.projected : 
qurt_PA1_RUN1_GAM, qurt_PA1_RUN1_MARS, qurt_PA1_RUN1_MAXNET, qurt_PA1_RUN1_GBM, qurt_PA1_RUN1_RF, qurt_PA2_RUN1_GAM, qurt_PA2_RUN1_MARS, qurt_PA2_RUN1_MAXNET, qurt_PA2_RUN1_GBM, qurt_PA2_RUN1_RF, qurt_PA3_RUN1_GAM, qurt_PA3_RUN1_MARS, qurt_PA3_RUN1_MAXNET, qurt_PA3_RUN1_GBM, qurt_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 227.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 227.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qurt/current


sp.name : qurt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qurt/qurt.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qurt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 227.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

227.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qurt/cont_gre


sp.name : qurt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qurt/qurt.AllModels.models.out )

models.projected : 
qurt_PA1_RUN1_GAM, qurt_PA1_RUN1_MARS, qurt_PA1_RUN1_MAXNET, qurt_PA1_RUN1_GBM, qurt_PA1_RUN1_RF, qurt_PA2_RUN1_GAM, qurt_PA2_RUN1_MARS, qurt_PA2_RUN1_MAXNET, qurt_PA2_RUN1_GBM, qurt_PA2_RUN1_RF, qurt_PA3_RUN1_GAM, qurt_PA3_RUN1_MARS, qurt_PA3_RUN1_MAXNET, qurt_PA3_RUN1_GBM, qurt_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 227.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 227.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/qurt/cont_gre


sp.name : qurt

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/qurt/qurt.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
qurt_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, qurt_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 227.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

227.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 227.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 227.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 227.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 227.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

227.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

227.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 227.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 227.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 227.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 227.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

227.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 11          12          12          19.72421    14          279   0      2000
 2 11          12          12          14.95932    14          211   126    2040
 3 11          12          12          14.09891    14          174   126    2060
 4 11          12          13          14.66116    14          185   126    2080
 5 11          12          12          14.53692    14          184   126    2100
 6 11          12          12          14.77282    14          203   245    2040
 7 12          12          12          13.58284    14          125   245    2060
 8 12          12          13          13.46376    13          102   245    2080
 9 12          12          13          13.38946    13           71   245    2100
10 11          12          12          14.41309    14          194   370    2040
11 12          12          12          13.55602    13          125   370    2060
12 11          12          13          13.24537    13           61   370    2080
13 12          13          15          14.56884    16           25   370    2100
14 11          12          12          14.97100    14          207   585    2040
15 12          12          13          13.15114    13           83   585    2060
16 12          13          13          13.44897    14           34   585    2080
17 12          15          16          16.08850    16           33   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 227.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.