118 Broussonetia papyrifera

118.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.67wes6
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252484-230224095556074
  Created: 2023-05-20T15:52:41.292+00:00
  Modified: 2023-05-20T15:53:37.476+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252484-230224095556074.zip
  Total records: 14764

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 14764 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -178.119431 ymin: -43.640337 xmax: 178.021007 ymax: 89.8
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 14,764 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 2     3.e9 5f06e39d-… "USFS - New… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 3     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 4     9 e8 0096dfc0-… "http://bio… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 5     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 6     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 7     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 8     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 9     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
10     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
# ℹ 14,754 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 14 764 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Broussonetia papyrifera dans le monde.

Figure 118.1: Occurrences de Broussonetia papyrifera dans le monde.

118.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.5660390138
[1] 0.1497561636
[1] 0.2457328637

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d'endémisme.

Figure 118.2: Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d’endémisme.

118.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
        7984          337           36 
[1] 95.96745244
Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 118.3: Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 8020

118.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 8020 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.230554 ymin: 36.037258 xmax: 45.567749 ymax: 52.484083
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,020 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 2     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 3     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 4     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 5     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 6     9 e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 7     8 e6 857aa892-… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 8     4 e9 700f193f-… "UIB:FV-MLL… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
 9     3.e9 14d5676a-… "q-10270639… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
10     3.e9 14d5676a-… "q-10013438… Plantae Trach… Magn… Rosa… Morac… Brou… Brouss… ""                  
# ℹ 8,010 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

118.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 118.4: Occurrence de Broussonetia papyrifera dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

118.2 Modélisation de la niche climatique

118.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 8020, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.230554, 45.56775, 36.03726, 52.48408  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= brpa Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  brpa

     8009 presences,  0 true absences and  23842 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-13.55   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.98   1st Qu.: -8.724   1st Qu.:  9.95   1st Qu.: 616.2  
 Median :26.39   Median : -1.316   Median : 13.30   Median : 744.2  
 Mean   :26.06   Mean   : -3.423   Mean   : 12.71   Mean   : 759.5  
 3rd Qu.:29.50   3rd Qu.:  2.060   3rd Qu.: 16.11   3rd Qu.: 896.6  
 Max.   :44.90   Max.   : 12.376   Max.   : 24.84   Max.   :1351.6  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.126  
 1st Qu.: 175.0   1st Qu.: 24.549  
 Median : 219.0   Median : 32.636  
 Mean   : 219.2   Mean   : 37.008  
 3rd Qu.: 259.0   3rd Qu.: 41.789  
 Max.   :1261.0   Max.   :122.196  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 118.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 56096, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.27083, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 118.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

118.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for brpa_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for brpa_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for brpa_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= brpa Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  brpa_PA1 


-=-=-=--=-=-=- brpa_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  brpa_PA2 


-=-=-=--=-=-=- brpa_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  brpa_PA3 


-=-=-=--=-=-=- brpa_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

118.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  636.0      97.503
2    brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  639.0      97.487
3   brpa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  463.0      95.692
4   brpa_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  464.5      95.692
5 brpa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  363.0      94.287
6 brpa_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  370.5      93.835
  specificity calibration validation evaluation
1      65.773       0.633      0.623         NA
2      65.804       0.777      0.771         NA
3      90.726       0.864      0.860         NA
4      90.789       0.979      0.977         NA
5      92.534       0.868      0.865         NA
6      93.002       0.979      0.977         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 118.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

118.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.345401
2 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.393848
3 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.006991
4 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.032866
5 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.006672
6 brpa_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.017750
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 118.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 118.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

118.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 118.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

118.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : brpa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, brpa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

118.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 brpa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 brpa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  493.0      96.616      93.981
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  495.5      96.579      94.036
  calibration validation evaluation
1       0.906         NA         NA
2       0.991         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 118.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.232304
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.474521
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.036762
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.105914
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.119535
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.095245

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 118.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 118.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

118.3 Projections

118.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/brpa/current


sp.name : brpa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/brpa/brpa.AllModels.models.out )

models.projected : 
brpa_PA1_RUN1_GAM, brpa_PA1_RUN1_MARS, brpa_PA1_RUN1_MAXNET, brpa_PA1_RUN1_GBM, brpa_PA1_RUN1_ANN, brpa_PA1_RUN1_RF, brpa_PA2_RUN1_GAM, brpa_PA2_RUN1_MARS, brpa_PA2_RUN1_MAXNET, brpa_PA2_RUN1_GBM, brpa_PA2_RUN1_ANN, brpa_PA2_RUN1_RF, brpa_PA3_RUN1_GAM, brpa_PA3_RUN1_MARS, brpa_PA3_RUN1_MAXNET, brpa_PA3_RUN1_GBM, brpa_PA3_RUN1_ANN, brpa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 118.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 118.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/brpa/current


sp.name : brpa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/brpa/brpa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, brpa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 118.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

118.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/brpa/cont_gre


sp.name : brpa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/brpa/brpa.AllModels.models.out )

models.projected : 
brpa_PA1_RUN1_GAM, brpa_PA1_RUN1_MARS, brpa_PA1_RUN1_MAXNET, brpa_PA1_RUN1_GBM, brpa_PA1_RUN1_ANN, brpa_PA1_RUN1_RF, brpa_PA2_RUN1_GAM, brpa_PA2_RUN1_MARS, brpa_PA2_RUN1_MAXNET, brpa_PA2_RUN1_GBM, brpa_PA2_RUN1_ANN, brpa_PA2_RUN1_RF, brpa_PA3_RUN1_GAM, brpa_PA3_RUN1_MARS, brpa_PA3_RUN1_MAXNET, brpa_PA3_RUN1_GBM, brpa_PA3_RUN1_ANN, brpa_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 118.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 118.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/brpa/cont_gre


sp.name : brpa

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/brpa/brpa.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
brpa_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, brpa_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 118.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

118.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 118.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 118.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 118.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 118.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

118.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

118.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 118.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 118.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 118.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 118.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

118.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  21         115         285         386.6233    684         872   0      2000
 2  56         554         694         657.8731    821         884   126    2040
 3  97         622         728         704.4664    843         882   126    2060
 4  96         649         747         717.5917    845         883   126    2080
 5 111         627         724         704.9965    841         880   126    2100
 6  85         612         713         697.0316    832         883   245    2040
 7 139         670         753         729.2084    851         884   245    2060
 8 347         688         818         768.7443    861         882   245    2080
 9 344         682         805         754.1695    861         881   245    2100
10  53         544         690         651.3025    816         882   370    2040
11 172         676         760         736.6340    853         880   370    2060
12 393         682         825         757.2772    860         880   370    2080
13 391         598         740         708.6769    822         866   370    2100
14  71         585         699         673.4351    826         883   585    2040
15 278         686         799         761.5282    858         880   585    2060
16 378         666         783         732.4617    848         875   585    2080
17 375         509         670         633.5939    693         826   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 118.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.