173 Quercus rubra

173.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.m6hgk3
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252754-230224095556074
  Created: 2023-05-20T18:44:53.259+00:00
  Modified: 2023-05-20T18:46:27.399+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252754-230224095556074.zip
  Total records: 90124

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 64988 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -123.3093 ymin: -44.293175 xmax: 176.887512 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 64,988 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     3.e9 d1e9202b-… NYCstreetTr… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 64,978 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 64 988 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Quercus rubra dans le monde.

Figure 173.1: Occurrences de Quercus rubra dans le monde.

173.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.8274758417
[1] 0.1720933095
[1] 7.693728073e-05

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Quercus rubra dans la région d'endémisme.

Figure 173.2: Occurrence de Quercus rubra dans la région d’endémisme.

173.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      28361 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                      15596 
                                                    CC0_1_0 
                                                       7839 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1483 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        471 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         26 
[1] 68.24047902
Occurrence de Quercus rubra dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 173.3: Occurrence de Quercus rubra dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 36697

173.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.279748 ymin: 36.721905 xmax: 44.0138 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     8 e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 2     1.e9 f0c74a2c-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 3     2 e9 ebf3c079-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 4     2 e9 ebf3c079-… ""           Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 5     2 e9 7a3679ef-… "o-10089939… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 6     1.e9 740df67d-… "8B455F0C-9… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 7     2 e9 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 8     1.e9 740df67d-… "F5B5612C-6… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
 9     1 e9 740df67d-… "8B1EC464-3… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
10     1 e9 740df67d-… "65723F7C-9… Plantae Trach… Magn… Faga… Fagac… Quer… Quercu… ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

173.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Quercus rubra dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 173.4: Occurrence de Quercus rubra dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

173.2 Modélisation de la niche climatique

173.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.279748, 44.0138, 36.7219, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quru Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  quru

     24999 presences,  0 true absences and  72854 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.048   Min.   :-22.180   Min.   :-11.467   Min.   : 228.2  
 1st Qu.:20.648   1st Qu.: -8.768   1st Qu.:  7.569   1st Qu.: 576.6  
 Median :23.064   Median : -2.308   Median : 12.516   Median : 723.3  
 Mean   :24.763   Mean   : -3.977   Mean   : 11.924   Mean   : 747.5  
 3rd Qu.:27.867   3rd Qu.:  0.660   3rd Qu.: 16.163   3rd Qu.: 895.9  
 Max.   :45.968   Max.   : 11.700   Max.   : 26.380   Max.   :1393.9  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.698  
 1st Qu.: 179.0   1st Qu.: 19.092  
 Median : 217.0   Median : 30.034  
 Mean   : 216.1   Mean   : 33.998  
 3rd Qu.: 245.0   3rd Qu.: 39.141  
 Max.   :1240.0   Max.   :122.948  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 173.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174996, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 173.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

173.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for quru_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quru_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for quru_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= quru Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  quru_PA1 


-=-=-=--=-=-=- quru_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  quru_PA2 


-=-=-=--=-=-=- quru_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  quru_PA3 


-=-=-=--=-=-=- quru_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

173.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  616.0      95.355
2    quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  614.5      95.410
3   quru_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  363.0      96.190
4   quru_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  362.5      96.190
5 quru_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  375.0      94.830
6 quru_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  378.5      94.740
  specificity calibration validation evaluation
1      62.605       0.580      0.591         NA
2      62.575       0.737      0.738         NA
3      86.410       0.826      0.833         NA
4      86.410       0.967      0.969         NA
5      89.155       0.840      0.851         NA
6      89.285       0.967      0.969         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 173.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

173.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.289968
2 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.399108
3 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.002999
4 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.094865
5 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.111496
6 quru_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.041117
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 173.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 173.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

173.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 173.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

173.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : quru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

173.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  505.0      96.244      91.624
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  510.5      96.168      91.725
  calibration validation evaluation
1       0.879         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 173.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.392202
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.291707
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.034051
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.111414
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.043107
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.113164

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 173.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 173.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

173.3 Projections

173.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quru/current


sp.name : quru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quru/quru.AllModels.models.out )

models.projected : 
quru_PA1_RUN1_GAM, quru_PA1_RUN1_MARS, quru_PA1_RUN1_MAXNET, quru_PA1_RUN1_GBM, quru_PA1_RUN1_RF, quru_PA2_RUN1_GAM, quru_PA2_RUN1_MARS, quru_PA2_RUN1_MAXNET, quru_PA2_RUN1_GBM, quru_PA2_RUN1_RF, quru_PA3_RUN1_GAM, quru_PA3_RUN1_MARS, quru_PA3_RUN1_MAXNET, quru_PA3_RUN1_GBM, quru_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 173.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 173.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quru/current


sp.name : quru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quru/quru.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 173.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

173.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quru/cont_gre


sp.name : quru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quru/quru.AllModels.models.out )

models.projected : 
quru_PA1_RUN1_GAM, quru_PA1_RUN1_MARS, quru_PA1_RUN1_MAXNET, quru_PA1_RUN1_GBM, quru_PA1_RUN1_RF, quru_PA2_RUN1_GAM, quru_PA2_RUN1_MARS, quru_PA2_RUN1_MAXNET, quru_PA2_RUN1_GBM, quru_PA2_RUN1_RF, quru_PA3_RUN1_GAM, quru_PA3_RUN1_MARS, quru_PA3_RUN1_MAXNET, quru_PA3_RUN1_GBM, quru_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 173.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 173.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/quru/cont_gre


sp.name : quru

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/quru/quru.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
quru_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, quru_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 173.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

173.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 173.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 173.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 173.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 173.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

173.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

173.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 173.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 173.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 173.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 173.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

173.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 183         312         613         533.6397    690         751   0      2000
 2 159         266         604         504.0198    694         794   126    2040
 3 121         241         475         464.6675    674         812   126    2060
 4 153         232         463         456.6112    666         806   126    2080
 5 169         247         469         467.7800    677         777   126    2100
 6 160         262         554         496.3914    697         803   245    2040
 7 119         220         411         421.4519    637         782   245    2060
 8 129         226         341         376.8962    492         755   245    2080
 9 135         222         304         328.8766    420         712   245    2100
10 109         260         577         490.2324    677         787   370    2040
11 137         234         412         428.9295    640         782   370    2060
12 138         224         293         306.5025    382         705   370    2080
13  99         139         162         171.6830    199         635   370    2100
14 156         248         564         487.6162    680         784   585    2040
15 130         218         368         391.2965    535         743   585    2060
16 103         146         186         195.7564    231         699   585    2080
17  73         111         131         131.4509    150         253   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 173.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.