98 Pinus pinea

98.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.bzkhk7
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252286-230224095556074
  Created: 2023-05-20T13:23:12.488+00:00
  Modified: 2023-05-20T13:24:33.286+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252286-230224095556074.zip
  Total records: 62810

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 62810 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.8703 ymin: -38.715 xmax: 175.773547 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 62,810 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1      9e8 e6c97f6e-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 2      9e8 e6c97f6e-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 3      9e8 e6c97f6e-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 4      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 5      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 6      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 7      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 8      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 9      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
10      9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
# ℹ 62,800 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 62 810 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Pinus pinea dans le monde.

Figure 98.1: Occurrences de Pinus pinea dans le monde.

98.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9975163191
[1] 0.0006846043624
[1] 0

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Pinus pinea dans la région d'endémisme.

Figure 98.2: Occurrence de Pinus pinea dans la région d’endémisme.

98.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      59038 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       3561 
                                                    CC0_1_0 
                                                         22 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         23 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                          1 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          9 
[1] 94.27969483
Occurrence de Pinus pinea dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 98.3: Occurrence de Pinus pinea dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 59070

98.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.48216 ymin: 31.58321 xmax: 35.350716 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <lgl>               
 1     3.e9 cfac873c-… 3c3b2d5b-5a… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 2     2 e9 0d8cc344-… f3af1c88-8d… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 3     2 e9 0d8cc344-… 7b2f117e-8d… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 4     3.e9 cfac873c-… f20b98ef-51… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 5     3.e9 0fe87daf-… f27cc0e8-54… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 6     3.e9 7dccad9d-… 40784ffa-bb… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 7     3.e9 7dccad9d-… d35cfdf3-aa… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 8     3.e9 0fe87daf-… 32b1ca2c-70… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
 9     3.e9 eb97768a-… a8f45f44-50… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
10     3.e9 cfac873c-… ee412adf-e0… Plantae Trach… Pino… Pina… Pinac… Pinus Pinus … NA                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

98.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Pinus pinea dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 98.4: Occurrence de Pinus pinea dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

98.2 Modélisation de la niche climatique

98.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.48216, 35.35072, 31.58321, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pipi Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  pipi

     24926 presences,  0 true absences and  73003 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-22.000   Min.   :-12.27   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:20.98   1st Qu.: -8.644   1st Qu.: 10.64   1st Qu.: 526.9  
 Median :27.15   Median : -0.456   Median : 12.17   Median : 712.6  
 Mean   :26.49   Mean   : -2.205   Mean   : 12.36   Mean   : 717.2  
 3rd Qu.:30.75   3rd Qu.:  5.688   3rd Qu.: 15.44   3rd Qu.: 893.8  
 Max.   :46.10   Max.   : 12.400   Max.   : 25.94   Max.   :1393.6  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  5.65  
 1st Qu.: 181.0   1st Qu.: 29.61  
 Median : 229.0   Median : 38.33  
 Mean   : 227.4   Mean   : 45.61  
 3rd Qu.: 279.0   3rd Qu.: 64.37  
 Max.   :1254.0   Max.   :123.52  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 98.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174704, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.60417, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 98.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

98.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for pipi_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pipi_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for pipi_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= pipi Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  pipi_PA1 


-=-=-=--=-=-=- pipi_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  pipi_PA2 


-=-=-=--=-=-=- pipi_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  pipi_PA3 


-=-=-=--=-=-=- pipi_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

98.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  990.0      98.942
2    pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  996.5      98.491
3   pipi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  565.0      98.180
4   pipi_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  565.5      98.180
5 pipi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  344.0      98.129
6 pipi_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  349.5      98.069
  specificity calibration validation evaluation
1      78.990       0.780      0.778         NA
2      79.800       0.902      0.900         NA
3      97.715       0.959      0.960         NA
4      97.730       0.997      0.996         NA
5      97.875       0.960      0.959         NA
6      97.980       0.996      0.995         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 98.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

98.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.244568
2 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.172658
3 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.003882
4 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.414076
5 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.000037
6 pipi_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.143359
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 98.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 98.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

98.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 98.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

98.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : pipi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

98.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pipi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pipi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  397.0      99.174      98.186
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  400.5      99.166      98.223
  calibration validation evaluation
1       0.974         NA         NA
2       0.999         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 98.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.296423
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.239263
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.135855
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.382166
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.252807
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.096912

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 98.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 98.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

98.3 Projections

98.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipi/current


sp.name : pipi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipi/pipi.AllModels.models.out )

models.projected : 
pipi_PA1_RUN1_GAM, pipi_PA1_RUN1_MARS, pipi_PA1_RUN1_MAXNET, pipi_PA1_RUN1_GBM, pipi_PA1_RUN1_ANN, pipi_PA1_RUN1_RF, pipi_PA2_RUN1_GAM, pipi_PA2_RUN1_MARS, pipi_PA2_RUN1_MAXNET, pipi_PA2_RUN1_GBM, pipi_PA2_RUN1_ANN, pipi_PA2_RUN1_RF, pipi_PA3_RUN1_GAM, pipi_PA3_RUN1_MARS, pipi_PA3_RUN1_MAXNET, pipi_PA3_RUN1_GBM, pipi_PA3_RUN1_ANN, pipi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 98.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 98.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipi/current


sp.name : pipi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipi/pipi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 98.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

98.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipi/cont_gre


sp.name : pipi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipi/pipi.AllModels.models.out )

models.projected : 
pipi_PA1_RUN1_GAM, pipi_PA1_RUN1_MARS, pipi_PA1_RUN1_MAXNET, pipi_PA1_RUN1_GBM, pipi_PA1_RUN1_ANN, pipi_PA1_RUN1_RF, pipi_PA2_RUN1_GAM, pipi_PA2_RUN1_MARS, pipi_PA2_RUN1_MAXNET, pipi_PA2_RUN1_GBM, pipi_PA2_RUN1_ANN, pipi_PA2_RUN1_RF, pipi_PA3_RUN1_GAM, pipi_PA3_RUN1_MARS, pipi_PA3_RUN1_MAXNET, pipi_PA3_RUN1_GBM, pipi_PA3_RUN1_ANN, pipi_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 98.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 98.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/pipi/cont_gre


sp.name : pipi

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/pipi/pipi.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
pipi_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, pipi_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 98.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

98.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 98.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 98.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 98.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 98.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

98.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

98.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 98.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 98.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 98.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 98.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

98.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 19           22          29          75.70407   148         327   0      2000
 2 20           34          54          92.26017   154         293   126    2040
 3 21           42          77         102.89469   174         295   126    2060
 4 22           45          88         108.25503   184         298   126    2080
 5 22           46          86         113.01797   195         305   126    2100
 6 20           38          63         100.03183   173         298   245    2040
 7 21           46          91         105.92686   169         266   245    2060
 8 25           84         138         138.27979   202         294   245    2080
 9 26          100         147         145.58441   204         274   245    2100
10 20           31          52          86.97431   140         286   370    2040
11 22           50         105         116.57709   191         286   370    2060
12 26          122         157         156.66051   204         276   370    2080
13 42          114         149         153.32348   199         267   370    2100
14 21           36          61          96.12059   160         305   585    2040
15 23           69         127         127.77832   199         291   585    2060
16 34          112         134         146.67255   199         268   585    2080
17 49          142         184         167.24949   193         262   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 98.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.