23 Malus domestica

23.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.98hs34
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232001-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:24:13.831+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:25:49.589+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232001-230224095556074.zip
  Total records: 68811

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 68811 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -176.559195 ymin: -46.559697 xmax: 178.019493 ymax: 78.0653908
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 68,811 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 2     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 3     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 4     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 5     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 6     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 7     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 8     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 9     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
10     9e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
# ℹ 68,801 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 68 811 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Malus domestica dans le monde.

Figure 23.1: Occurrences de Malus domestica dans le monde.

23.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9384255424
[1] 0.02656552005
[1] 0.00213628635

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Malus domestica dans la région d'endémisme.

Figure 23.2: Occurrence de Malus domestica dans la région d’endémisme.

23.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                      28710 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       3709 
                                                    CC0_1_0 
                                                      16666 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                      12195 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                       2854 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                        440 
[1] 75.37089231
Occurrence de Malus domestica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 23.3: Occurrence de Malus domestica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 48670

23.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Simple feature collection with 25000 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.813573 ymin: 36.645754 xmax: 46.96014 ymax: 69.7651
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 25,000 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1    8 e8 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 2    2 e9 b124e1e0-… urn:uuid:83… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 3    2 e9 67fabcac-… 9384486      Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 4    2 e9 67fabcac-… 15195582     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 5    1 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 6    3.e9 67fabcac-… 24453841     Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 7    2 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 8    2 e9 7a3679ef-… o-1006220281 Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
 9    1 e9 38b4c89f-… urn:lsid:ar… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
10    2 e9 7a3679ef-… o-1001961482 Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Malus Malus … ""                  
# ℹ 24,990 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <dbl>, depthAccuracy <dbl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

23.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Malus domestica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 23.4: Occurrence de Malus domestica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

23.2 Modélisation de la niche climatique

23.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 25000, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.813573, 46.96014, 36.64575, 69.7651  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mado Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  mado

     24921 presences,  0 true absences and  72876 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august    temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 0.50   Min.   :-21.980   Min.   :-12.078   Min.   :   0.0  
 1st Qu.:19.96   1st Qu.: -9.056   1st Qu.:  8.785   1st Qu.: 645.7  
 Median :22.82   Median : -4.016   Median : 13.443   Median : 739.5  
 Mean   :24.45   Mean   : -4.672   Mean   : 12.344   Mean   : 765.2  
 3rd Qu.:27.90   3rd Qu.:  0.544   3rd Qu.: 16.072   3rd Qu.: 898.5  
 Max.   :45.97   Max.   : 12.036   Max.   : 26.380   Max.   :1392.7  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   3.0   Min.   :  4.61  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 22.53  
 Median : 213.0   Median : 30.52  
 Mean   : 214.9   Mean   : 35.32  
 3rd Qu.: 244.0   3rd Qu.: 39.06  
 Max.   :1239.0   Max.   :123.70  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 23.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 174684, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.5625, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 23.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

23.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for mado_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mado_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for mado_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= mado Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  mado_PA1 


-=-=-=--=-=-=- mado_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  mado_PA2 


-=-=-=--=-=-=- mado_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  mado_PA3 


-=-=-=--=-=-=- mado_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

23.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      93.560
2    mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  623.5      93.660
3   mado_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  459.0      93.269
4   mado_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  458.5      93.269
5 mado_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  386.0      93.209
6 mado_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  386.5      93.168
  specificity calibration validation evaluation
1      59.920       0.535      0.525         NA
2      59.840       0.766      0.770         NA
3      83.435       0.767      0.757         NA
4      83.435       0.937      0.935         NA
5      84.465       0.777      0.768         NA
6      84.535       0.936      0.933         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 23.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

23.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.380298
2 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.032763
3 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.056561
4 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.506875
5 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.045962
6 mado_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.119171
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 23.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 23.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

23.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 23.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

23.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : mado

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mado_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

23.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mado_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mado_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  585.0      97.424      95.953
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  588.5      97.392      96.014
  calibration validation evaluation
1       0.934         NA         NA
2       0.996         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 23.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.653069
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.589316
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.439552
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.520836
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.404126
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.510779

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 23.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 23.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

23.3 Projections

23.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mado/current


sp.name : mado

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mado/mado.AllModels.models.out )

models.projected : 
mado_PA1_RUN1_GAM, mado_PA1_RUN1_MARS, mado_PA1_RUN1_MAXNET, mado_PA1_RUN1_GBM, mado_PA1_RUN1_ANN, mado_PA1_RUN1_RF, mado_PA2_RUN1_GAM, mado_PA2_RUN1_MARS, mado_PA2_RUN1_MAXNET, mado_PA2_RUN1_GBM, mado_PA2_RUN1_ANN, mado_PA2_RUN1_RF, mado_PA3_RUN1_GAM, mado_PA3_RUN1_MARS, mado_PA3_RUN1_MAXNET, mado_PA3_RUN1_GBM, mado_PA3_RUN1_ANN, mado_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 23.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 23.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mado/current


sp.name : mado

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mado/mado.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mado_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 23.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

23.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mado/cont_gre


sp.name : mado

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mado/mado.AllModels.models.out )

models.projected : 
mado_PA1_RUN1_GAM, mado_PA1_RUN1_MARS, mado_PA1_RUN1_MAXNET, mado_PA1_RUN1_GBM, mado_PA1_RUN1_ANN, mado_PA1_RUN1_RF, mado_PA2_RUN1_GAM, mado_PA2_RUN1_MARS, mado_PA2_RUN1_MAXNET, mado_PA2_RUN1_GBM, mado_PA2_RUN1_ANN, mado_PA2_RUN1_RF, mado_PA3_RUN1_GAM, mado_PA3_RUN1_MARS, mado_PA3_RUN1_MAXNET, mado_PA3_RUN1_GBM, mado_PA3_RUN1_ANN, mado_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 23.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 23.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/mado/cont_gre


sp.name : mado

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/mado/mado.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
mado_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, mado_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 23.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

23.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 23.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 23.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 23.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 23.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

23.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

23.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 23.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 23.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 23.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 23.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

23.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 132         493         581         564.6673    672         920   0      2000
 2  52         293         354         356.0069    417         704   126    2040
 3  55         258         300         305.5323    356         601   126    2060
 4  33         222         274         277.1846    339         588   126    2080
 5  87         264         306         307.6926    350         587   126    2100
 6  73         292         345         350.1643    406         649   245    2040
 7  54         208         267         256.1265    303         498   245    2060
 8  70         216         277         274.2513    333         513   245    2080
 9  49         192         254         261.3471    352         452   245    2100
10  73         300         341         343.0714    392         683   370    2040
11 100         227         286         277.5689    324         537   370    2060
12  79         214         290         281.9903    352         462   370    2080
13  41         160         300         255.3010    335         400   370    2100
14  40         242         308         307.3860    368         588   585    2040
15  59         207         262         264.1421    318         445   585    2060
16  31         144         290         248.9395    341         395   585    2080
17  91         297         350         324.4123    387         496   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 23.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.