33 Platanus orientalis

33.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.4cq9ck
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0232047-230224095556074
  Created: 2023-05-11T06:46:33.696+00:00
  Modified: 2023-05-11T06:47:24.848+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0232047-230224095556074.zip
  Total records: 1658

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 1658 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.33083 ymin: -43.540754 xmax: 175.053583 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,658 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
10     9e8 837acfc2-… "HSS:HSS:53… Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
# ℹ 1,648 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 1 658 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Platanus orientalis dans le monde.

Figure 33.1: Occurrences de Platanus orientalis dans le monde.

33.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9481302774
[1] 0.004221954162
[1] 0.02653799759

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Platanus orientalis dans la région d'endémisme.

Figure 33.2: Occurrence de Platanus orientalis dans la région d’endémisme.

33.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                        946 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        444 
                                                    CC0_1_0 
                                                         94 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         50 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         32 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          6 
[1] 68.57506361
Occurrence de Platanus orientalis dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 33.3: Occurrence de Platanus orientalis dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 1078

33.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 1078 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -8.83766 ymin: 32.872912 xmax: 46.948738 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 1,078 × 51
    gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 2     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 3     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 4     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 5     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 6     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 7     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 8     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
 9     9e8 6ac3f774-… ""           Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
10     8e8 271c444f-… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Prot… Plata… Plat… Platan… ""                  
# ℹ 1,068 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

33.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Platanus orientalis dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 33.4: Occurrence de Platanus orientalis dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

33.2 Modélisation de la niche climatique

33.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 1078, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -8.83766, 46.94874, 32.87291, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= plor Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  plor

     1076 presences,  0 true absences and  3230 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 5.716   Min.   :-21.652   Min.   :-9.285   Min.   : 308.6  
 1st Qu.:20.928   1st Qu.: -8.392   1st Qu.: 9.368   1st Qu.: 620.4  
 Median :25.750   Median : -1.192   Median :12.003   Median : 719.6  
 Mean   :26.266   Mean   : -2.982   Mean   :12.136   Mean   : 753.0  
 3rd Qu.:31.964   3rd Qu.:  3.112   3rd Qu.:15.933   3rd Qu.: 891.5  
 Max.   :44.848   Max.   :  9.900   Max.   :24.349   Max.   :1391.3  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   6.0   Min.   :  5.202  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 25.787  
 Median : 222.0   Median : 34.393  
 Mean   : 239.6   Mean   : 46.122  
 3rd Qu.: 299.0   3rd Qu.: 60.859  
 Max.   :1160.0   Max.   :120.736  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 33.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7538, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.10417, 46.97917, 29.02083, 70.9375  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 33.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

33.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for plor_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for plor_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for plor_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= plor Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  plor_PA1 


-=-=-=--=-=-=- plor_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  plor_PA2 


-=-=-=--=-=-=- plor_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  plor_PA3 


-=-=-=--=-=-=- plor_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

33.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  505.0      96.632
2    plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  502.0      96.632
3   plor_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  513.0      90.360
4   plor_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  516.0      90.360
5 plor_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  390.0      92.334
6 plor_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  394.5      92.102
  specificity calibration validation evaluation
1      60.905       0.575      0.564         NA
2      60.905       0.786      0.792         NA
3      86.427       0.769      0.759         NA
4      86.543       0.954      0.949         NA
5      84.339       0.769      0.791         NA
6      85.035       0.958      0.959         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 33.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

33.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.546601
2 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.079457
3 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004678
4 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.249445
5 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.007906
6 plor_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.074843
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 33.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 33.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

33.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 33.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

33.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : plor

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, plor_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

33.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 plor_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 plor_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  595.0       93.68      92.848
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  596.5       93.68      93.003
  calibration validation evaluation
1       0.866         NA         NA
2       0.985         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 33.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.249206
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.498755
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.061336
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.200032
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.271842
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.182591

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 33.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 33.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

33.3 Projections

33.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/plor/current


sp.name : plor

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/plor/plor.AllModels.models.out )

models.projected : 
plor_PA1_RUN1_GAM, plor_PA1_RUN1_MARS, plor_PA1_RUN1_MAXNET, plor_PA1_RUN1_GBM, plor_PA1_RUN1_ANN, plor_PA1_RUN1_RF, plor_PA2_RUN1_GAM, plor_PA2_RUN1_MARS, plor_PA2_RUN1_MAXNET, plor_PA2_RUN1_GBM, plor_PA2_RUN1_ANN, plor_PA2_RUN1_RF, plor_PA3_RUN1_GAM, plor_PA3_RUN1_MARS, plor_PA3_RUN1_MAXNET, plor_PA3_RUN1_GBM, plor_PA3_RUN1_ANN, plor_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 33.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 33.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/plor/current


sp.name : plor

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/plor/plor.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, plor_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 33.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

33.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/plor/cont_gre


sp.name : plor

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/plor/plor.AllModels.models.out )

models.projected : 
plor_PA1_RUN1_GAM, plor_PA1_RUN1_MARS, plor_PA1_RUN1_MAXNET, plor_PA1_RUN1_GBM, plor_PA1_RUN1_ANN, plor_PA1_RUN1_RF, plor_PA2_RUN1_GAM, plor_PA2_RUN1_MARS, plor_PA2_RUN1_MAXNET, plor_PA2_RUN1_GBM, plor_PA2_RUN1_ANN, plor_PA2_RUN1_RF, plor_PA3_RUN1_GAM, plor_PA3_RUN1_MARS, plor_PA3_RUN1_MAXNET, plor_PA3_RUN1_GBM, plor_PA3_RUN1_ANN, plor_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 33.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 33.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/plor/cont_gre


sp.name : plor

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/plor/plor.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
plor_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, plor_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 33.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

33.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 33.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 33.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 33.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 33.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

33.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

33.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 33.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 33.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 33.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 33.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

33.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 174         427         561         544.2361    671         828   0      2000
 2 334         613         695         666.0532    733         832   126    2040
 3 306         611         704         660.6007    725         840   126    2060
 4 311         612         712         669.9270    749         834   126    2080
 5 308         605         702         664.6321    745         839   126    2100
 6 326         629         716         678.2240    750         840   245    2040
 7 313         591         707         653.9892    727         820   245    2060
 8 293         526         698         641.3917    723         828   245    2080
 9 289         490         672         610.0376    698         799   245    2100
10 328         599         685         656.8015    731         824   370    2040
11 303         582         703         651.2284    721         829   370    2060
12 283         468         653         594.7536    689         800   370    2080
13 276         431         594         546.6633    650         716   370    2100
14 328         617         704         668.3779    733         832   585    2040
15 297         544         698         639.6656    713         808   585    2060
16 291         452         625         572.2324    671         730   585    2080
17 239         371         454         456.7798    526         707   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 33.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.