67 Cercis siliquastrum

67.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.34uetk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0252124-230224095556074
  Created: 2023-05-20T11:45:02.603+00:00
  Modified: 2023-05-20T11:46:03.283+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0252124-230224095556074.zip
  Total records: 8808

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 8808 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -122.311667 ymin: -36.880478 xmax: 174.725833 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,808 × 51
    gbifID datasetKey  occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 * <int64> <chr>       <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1 9265587 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 2 9261073 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 3 9261072 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 4 9260938 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 5 9260890 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 6 9260507 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 7 9260475 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 8 9251103 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 9 9250942 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
10 9250827 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
# ℹ 8,798 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 8 808 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Cercis siliquastrum dans le monde.

Figure 67.1: Occurrences de Cercis siliquastrum dans le monde.

67.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.9952316076
[1] 0.0009082652134
[1] 0.0002270663034

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d'endémisme.

Figure 67.2: Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d’endémisme.

67.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       7617 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                       1005 
                                                    CC0_1_0 
                                                         86 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                         32 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                         22 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                          4 
[1] 88.17020306
Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 67.3: Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 7729

67.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 7729 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.367987 ymin: 31.519087 xmax: 45.832822 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 7,729 × 51
    gbifID datasetKey  occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
   <int64> <chr>       <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1 9265587 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 2 9261073 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 3 9261072 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 4 9260938 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 5 9260890 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 6 9260507 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 7 9260475 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 8 9251103 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
 9 9250942 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
10 9250827 857aa892-f… ""           Plantae Trach… Magn… Faba… Fabac… Cerc… Cercis… ""                  
# ℹ 7,719 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

67.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 67.4: Occurrence de Cercis siliquastrum dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

67.2 Modélisation de la niche climatique

67.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 7729, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.367987, 45.83282, 31.51909, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cesl Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  cesl

     7687 presences,  0 true absences and  22988 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart     temp_season    
 Min.   : 3.756   Min.   :-21.932   Min.   :-12.267   Min.   : 211.5  
 1st Qu.:20.972   1st Qu.: -8.760   1st Qu.:  9.753   1st Qu.: 604.7  
 Median :25.716   Median : -1.292   Median : 12.885   Median : 727.3  
 Mean   :25.831   Mean   : -3.335   Mean   : 12.495   Mean   : 752.2  
 3rd Qu.:29.236   3rd Qu.:  2.320   3rd Qu.: 16.019   3rd Qu.: 895.0  
 Max.   :44.976   Max.   : 11.200   Max.   : 24.869   Max.   :1375.5  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  7.389  
 1st Qu.: 177.0   1st Qu.: 25.182  
 Median : 219.0   Median : 33.088  
 Mean   : 221.8   Mean   : 37.922  
 3rd Qu.: 262.0   3rd Qu.: 43.100  
 Max.   :1222.0   Max.   :122.292  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 67.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 53935, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.4375, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 67.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

67.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for cesl_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cesl_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for cesl_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= cesl Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  cesl_PA1 


-=-=-=--=-=-=- cesl_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  cesl_PA2 


-=-=-=--=-=-=- cesl_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  cesl_PA3 


-=-=-=--=-=-=- cesl_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

67.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  475.0      98.179
2    cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  469.5      98.228
3   cesl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  484.0      95.545
4   cesl_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  477.0      95.642
5 cesl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  353.0      95.431
6 cesl_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  352.5      95.431
  specificity calibration validation evaluation
1      63.610       0.618      0.616         NA
2      63.578       0.772      0.780         NA
3      89.908       0.855      0.855         NA
4      89.811       0.969      0.969         NA
5      89.520       0.849      0.844         NA
6      89.520       0.968      0.970         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 67.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

67.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.244710
2 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.546135
3 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.012961
4 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.053274
5 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.005189
6 cesl_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.009869
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 67.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 67.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

67.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 67.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

67.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : cesl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

67.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cesl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cesl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  523.0      95.564      92.566
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  520.5      95.616      92.531
  calibration validation evaluation
1       0.881         NA         NA
2       0.988         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 67.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.196319
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.552266
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.026183
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.082941
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.143937
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.051181

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 67.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 67.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

67.3 Projections

67.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesl/current


sp.name : cesl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesl/cesl.AllModels.models.out )

models.projected : 
cesl_PA1_RUN1_GAM, cesl_PA1_RUN1_MARS, cesl_PA1_RUN1_MAXNET, cesl_PA1_RUN1_GBM, cesl_PA1_RUN1_RF, cesl_PA2_RUN1_GAM, cesl_PA2_RUN1_MARS, cesl_PA2_RUN1_MAXNET, cesl_PA2_RUN1_GBM, cesl_PA2_RUN1_RF, cesl_PA3_RUN1_GAM, cesl_PA3_RUN1_MARS, cesl_PA3_RUN1_MAXNET, cesl_PA3_RUN1_GBM, cesl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 67.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 67.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesl/current


sp.name : cesl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesl/cesl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 67.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

67.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesl/cont_gre


sp.name : cesl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesl/cesl.AllModels.models.out )

models.projected : 
cesl_PA1_RUN1_GAM, cesl_PA1_RUN1_MARS, cesl_PA1_RUN1_MAXNET, cesl_PA1_RUN1_GBM, cesl_PA1_RUN1_RF, cesl_PA2_RUN1_GAM, cesl_PA2_RUN1_MARS, cesl_PA2_RUN1_MAXNET, cesl_PA2_RUN1_GBM, cesl_PA2_RUN1_RF, cesl_PA3_RUN1_GAM, cesl_PA3_RUN1_MARS, cesl_PA3_RUN1_MAXNET, cesl_PA3_RUN1_GBM, cesl_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 67.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 67.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/cesl/cont_gre


sp.name : cesl

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/cesl/cesl.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
cesl_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, cesl_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 67.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

67.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 67.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 67.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 67.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 67.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

67.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

67.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 67.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 67.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 67.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 67.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

67.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  31         196         362         402.7458    620         849   0      2000
 2 115         479         718         641.1912    808         859   126    2040
 3 186         543         769         676.3195    822         863   126    2060
 4 192         530         780         678.2662    826         861   126    2080
 5 193         556         773         681.8316    826         865   126    2100
 6 169         540         761         670.1145    817         859   245    2040
 7 189         532         784         678.2707    827         861   245    2060
 8 214         528         816         698.8743    841         864   245    2080
 9 214         515         812         688.8331    843         865   245    2100
10 105         460         706         630.8272    800         859   370    2040
11 207         567         791         691.6236    830         864   370    2060
12 205         503         816         683.5194    843         865   370    2080
13 175         435         694         623.4510    829         871   370    2100
14 128         490         737         651.3558    813         863   585    2040
15 217         554         808         705.0620    839         864   585    2060
16 176         458         762         651.4544    848         868   585    2080
17 170         328         522         483.5993    580         857   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 67.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.