265 Prunus lusitanica

265.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.pcusnr
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0018080-230828120925497
  Created: 2023-09-15T18:49:46.454+00:00
  Modified: 2023-09-15T18:50:37.792+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0018080-230828120925497.zip
  Total records: 8073

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 8073 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -125.0146 ymin: -46.53067 xmax: 177.7186 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 8,073 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
 *   <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 932704468 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 2 932704458 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 3 932704434 ebd49d9b-696b… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 4 910483829 837acfc2-f762… "HSS:HSS:51… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 5 910473738 837acfc2-f762… "HSS:HSS:29… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 6 910473648 837acfc2-f762… "HSS:HSS:29… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 7 910473086 837acfc2-f762… "HSS:HSS:28… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 8 910473025 837acfc2-f762… "HSS:HSS:28… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 9 910469053 837acfc2-f762… "HSS:HSS:24… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
10 910469011 837acfc2-f762… "HSS:HSS:24… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
# ℹ 8,063 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

Il y a 8 073 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus lusitanica dans le monde.

Figure 265.1: Occurrences de Prunus lusitanica dans le monde.

265.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.923944
[1] 0.05351171
[1] 0.0001238697

Espèce endémique d’Europe

Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d'endémisme.

Figure 265.2: Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d’endémisme.

265.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


                                                  CC_BY_4_0 
                                                       5545 
                                               CC_BY_NC_4_0 
                                                        337 
                                                    CC0_1_0 
                                                         34 
   https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/legalcode 
                                                       1181 
      https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/legalcode 
                                                        321 
https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/legalcode 
                                                         41 
[1] 79.64875
Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 265.3: Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

[1] 5941

265.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 5941 features and 50 fields
Attribute-geometry relationships: constant (50)
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -9.983844 ymin: 34.95 xmax: 39.74268 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 5,941 × 51
      gbifID datasetKey     occurrenceID kingdom phylum class order family genus
     <int64> <chr>          <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr>
 1 871991248 271c444f-f8d8… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 2 871981291 271c444f-f8d8… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 3 871980917 271c444f-f8d8… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 4 870724520 271c444f-f8d8… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 5 870724496 271c444f-f8d8… "INBO:FLORA… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 6 416138248 857aa892-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 7 416136336 857aa892-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 8 416136334 857aa892-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
 9 416136333 857aa892-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
10 416136332 857aa892-f762… ""           Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun…
# ℹ 5,931 more rows
# ℹ 42 more variables: species <chr>, infraspecificEpithet <chr>,
#   taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>,
#   stateProvince <chr>, occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>,
#   publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>, decimalLongitude <dbl>,
#   coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>, …

265.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 265.4: Occurrence de Prunus lusitanica dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

265.2 Modélisation de la niche climatique

265.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 5941, 0  (geometries, attributes)
 extent      : -9.983844, 39.74268, 34.95, 63.434  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prlu Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prlu

     5938 presences,  0 true absences and  17700 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season    
 Min.   : 4.864   Min.   :-22.000   Min.   :-9.231   Min.   : 208.2  
 1st Qu.:20.472   1st Qu.: -8.704   1st Qu.: 7.826   1st Qu.: 567.2  
 Median :23.874   Median : -1.284   Median :12.091   Median : 715.0  
 Mean   :24.951   Mean   : -3.476   Mean   :11.833   Mean   : 732.9  
 3rd Qu.:28.100   3rd Qu.:  1.808   3rd Qu.:16.011   3rd Qu.: 895.7  
 Max.   :44.900   Max.   : 10.472   Max.   :24.817   Max.   :1383.7  
 prec_wet_quart    prec_season     
 Min.   :   3.0   Min.   :  6.861  
 1st Qu.: 174.0   1st Qu.: 20.761  
 Median : 215.0   Median : 30.589  
 Mean   : 219.1   Mean   : 34.565  
 3rd Qu.: 256.0   3rd Qu.: 39.642  
 Max.   :1245.0   Max.   :122.576  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 265.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 41575, 2  (geometries, attributes)
 extent      : -10.39583, 46.97917, 29.02083, 70.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 265.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

265.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prlu_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prlu_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prlu_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prlu Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prlu_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prlu_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prlu_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prlu_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prlu_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prlu_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

265.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  626.0      98.505
2    prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  628.0      98.505
3   prlu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  495.0      81.832
4   prlu_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  500.0      81.832
5 prlu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  355.0      96.295
6 prlu_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  357.5      96.168
  specificity calibration validation evaluation
1      67.999       0.665      0.684         NA
2      68.062       0.739      0.755         NA
3      86.745       0.686      0.686         NA
4      86.745       0.843      0.843         NA
5      89.796       0.861      0.864         NA
6      90.027       0.964      0.964         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 265.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

265.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.314772
2 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.196338
3 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.004358
4 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.573319
5 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.005954
6 prlu_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.014151
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 265.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 265.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

265.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 265.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

265.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prlu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prlu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

265.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prlu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prlu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  539.0      96.733      92.486
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  541.5      96.733      92.525
  calibration validation evaluation
1       0.892         NA         NA
2       0.989         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 265.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.150961
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.352590
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.021858
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.292532
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.083084
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.183583

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 265.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 265.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

265.3 Projections

265.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prlu/current


sp.name : prlu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prlu/prlu.AllModels.models.out )

models.projected : 
prlu_PA1_RUN1_GAM, prlu_PA1_RUN1_MARS, prlu_PA1_RUN1_MAXNET, prlu_PA1_RUN1_GBM, prlu_PA1_RUN1_ANN, prlu_PA1_RUN1_RF, prlu_PA2_RUN1_GAM, prlu_PA2_RUN1_MARS, prlu_PA2_RUN1_MAXNET, prlu_PA2_RUN1_GBM, prlu_PA2_RUN1_ANN, prlu_PA2_RUN1_RF, prlu_PA3_RUN1_GAM, prlu_PA3_RUN1_MARS, prlu_PA3_RUN1_MAXNET, prlu_PA3_RUN1_GBM, prlu_PA3_RUN1_ANN, prlu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 265.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 265.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prlu/current


sp.name : prlu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prlu/prlu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prlu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 265.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

265.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prlu/cont_gre


sp.name : prlu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prlu/prlu.AllModels.models.out )

models.projected : 
prlu_PA1_RUN1_GAM, prlu_PA1_RUN1_MARS, prlu_PA1_RUN1_MAXNET, prlu_PA1_RUN1_GBM, prlu_PA1_RUN1_ANN, prlu_PA1_RUN1_RF, prlu_PA2_RUN1_GAM, prlu_PA2_RUN1_MARS, prlu_PA2_RUN1_MAXNET, prlu_PA2_RUN1_GBM, prlu_PA2_RUN1_ANN, prlu_PA2_RUN1_RF, prlu_PA3_RUN1_GAM, prlu_PA3_RUN1_MARS, prlu_PA3_RUN1_MAXNET, prlu_PA3_RUN1_GBM, prlu_PA3_RUN1_ANN, prlu_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 265.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 265.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prlu/cont_gre


sp.name : prlu

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prlu/prlu.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prlu_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prlu_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 265.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

265.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 265.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 265.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 265.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 265.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

265.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

265.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 265.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 265.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 265.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 265.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

265.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1  74         348         503         494.9215    656         815   0      2000
 2 181         434         564         556.6311    680         831   126    2040
 3 203         429         553         545.0925    673         832   126    2060
 4 207         422         549         545.8830    671         821   126    2080
 5 230         503         616         590.9257    695         822   126    2100
 6 200         456         604         583.6746    712         838   245    2040
 7 209         386         479         494.5571    620         795   245    2060
 8 258         415         523         529.3342    662         812   245    2080
 9 264         394         457         480.3030    587         731   245    2100
10 172         403         512         514.7104    641         820   370    2040
11 229         425         534         533.0062    662         816   370    2060
12 277         383         450         479.1578    609         740   370    2080
13 156         273         326         323.3746    372         443   370    2100
14 186         410         525         522.8112    638         817   585    2040
15 232         380         458         493.3196    622         789   585    2060
16 186         279         348         335.4762    381         470   585    2080
17 103         242         253         258.3529    260         347   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 265.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.