12 Prunus serrulata

12.1 Données d’occurrences GBIF

Collecte des données du GBIF :

<<gbif download metadata>>
  Status: SUCCEEDED
  DOI: 10.15468/dl.nrbqsk
  Format: SIMPLE_CSV
  Download key: 0230472-230224095556074
  Created: 2023-05-10T16:17:58.953+00:00
  Modified: 2023-05-10T16:19:13.135+00:00
  Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0230472-230224095556074.zip
  Total records: 2737

Conversion en objets géographiques (format Simple feature de sf) et exploration rapide des données (classe du jeu de données et premières lignes du tableau) :

Simple feature collection with 2393 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: -124.082711 ymin: -46.553006 xmax: 176.3393 ymax: 63.434
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 2,393 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
 *  <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 2     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 3     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6     3.e9 5f06e39d-… USFS - New … Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
10     3.e9 c4e1739b-… BISON:New Y… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 2,383 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

Il y a 2 393 occurrences dans le jeu de données. On les affiche sur la carte du monde :

Occurrences de Prunus serrulata dans le monde.

Figure 12.1: Occurrences de Prunus serrulata dans le monde.

12.1.1 Données par région

On évalue la proportion d’occurrences dans chaque région, en utilisant les 3 masques créés précédemment. Si on a au moins 50 % des occurrences dans une région, on peut continuer en travaillant uniquement sur ces données. Sinon, on vérifie qu’au moins 67 % des données tombent dans l’ensemble des régions, et on prend la région la plus représentée. Au final, s’il s’agit d’une espèce endémique d’Europe, on n’a pas besoin de manipulation supplémentaire.

[1] 0.3543669035
[1] 0.07438361889
[1] 0.5035520267

Espèce endémique d’Asie

Occurrence de Prunus serrulata dans la région d'endémisme.

Figure 12.2: Occurrence de Prunus serrulata dans la région d’endémisme.

12.1.2 Licences

On s’intéresse ici au problème particulier des licences :


   CC_BY_4_0 CC_BY_NC_4_0      CC0_1_0 
         461          692           52 
[1] 42.57261411
Occurrence de Prunus serrulata dans la région d'endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Figure 12.3: Occurrence de Prunus serrulata dans la région d’endémisme, selon la licence : CC BY-NC en bleu ; CC0 et CC BY en orange.

Idéalement, on aimerait avoir au moins 50 % de données vraiment libres d’utilisation (c’est-à-dire sans la clause -NC). On continue en supprimant les données en CC BY-NC.

Moins de 50 % de données librement utilisables

[1] 513

12.1.3 Sous-échantillonnage

Si le jeu de données contient 25 000 occurrences ou plus, on procède au sous-échantillonnage aléatoire pour en conserver un maximum de 25 000.

Moins de 25 000 occurrences : pas de sous-échantillonnage

Simple feature collection with 513 features and 50 fields
Attribute-geometry relationship: 50 constant, 0 aggregate, 0 identity
Geometry type: POINT
Dimension:     XY
Bounding box:  xmin: 76.693245 ymin: 11.406414 xmax: 141.65367 ymax: 39.31542
Geodetic CRS:  WGS 84
# A tibble: 513 × 51
     gbifID datasetKey occurrenceID kingdom phylum class order family genus species infraspecificEpithet
    <int64> <chr>      <chr>        <chr>   <chr>  <chr> <chr> <chr>  <chr> <chr>   <chr>               
 1      7e8 86185376-… 7d02de3c-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "speciosa"          
 2      7e8 86185376-… 7cd2da2a-f8… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "speciosa"          
 3      4e9 28376ca6-… 914f8eb6-e6… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 4      4e9 dc692432-… 4c10704c-23… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 5      4e9 dc692432-… 1ec625e0-e3… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 6      4e9 dc692432-… ba0e8201-de… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 7      4e9 dc692432-… f589d0f6-5a… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 8      4e9 dc692432-… adf94b04-63… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
 9      4e9 dc692432-… f6e269a1-b1… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… "pubescens"         
10      4e9 dc692432-… 477613cc-13… Plantae Trach… Magn… Rosa… Rosac… Prun… Prunus… ""                  
# ℹ 503 more rows
# ℹ 40 more variables: taxonRank <chr>, scientificName <chr>, verbatimScientificName <chr>,
#   verbatimScientificNameAuthorship <chr>, countryCode <chr>, locality <chr>, stateProvince <chr>,
#   occurrenceStatus <chr>, individualCount <int>, publishingOrgKey <chr>, decimalLatitude <dbl>,
#   decimalLongitude <dbl>, coordinateUncertaintyInMeters <dbl>, coordinatePrecision <dbl>,
#   elevation <dbl>, elevationAccuracy <dbl>, depth <lgl>, depthAccuracy <lgl>, eventDate <dttm>,
#   day <int>, month <int>, year <int>, taxonKey <int>, speciesKey <int>, basisOfRecord <chr>, …

12.1.4 Carte finale

On prépare la carte finale des occurrences :

Occurrence de Prunus serrulata dans la région d'endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

Figure 12.4: Occurrence de Prunus serrulata dans la région d’endémisme après sous-échantillonnage éventuel.

12.2 Modélisation de la niche climatique

12.2.1 Préparer les données

Organisation des données d’entrées (occurrences et données environnementales) et des données produites de pseudo-absences :

 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 513, 0  (geometries, attributes)
 extent      : 76.69325, 141.6537, 11.40641, 39.31542  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. : lon/lat WGS 84 (EPSG:4326) 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prse Data Formating -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

      ! Response variable is considered as only presences... Is it really what you want?
      ! No data has been set aside for modeling evaluation
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.

Checking Pseudo-absence selection arguments...

   > random pseudo absences selection
   > Pseudo absences are selected in explanatory variables
 ! Some NAs have been automatically removed from your data
 !!! Some data are located in the same raster cell. 
          Please set `filter.raster = TRUE` if you want an automatic filtering.
-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.formated.data -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

dir.name =  Output

sp.name =  prse

     511 presences,  0 true absences and  1539 undefined points in dataset


     6 explanatory variables

 temp_max_august     temp_min       temp_wet_quart    temp_season     
 Min.   : 4.116   Min.   :-43.532   Min.   :-12.40   Min.   :  30.68  
 1st Qu.:22.372   1st Qu.:-21.599   1st Qu.: 15.84   1st Qu.: 746.46  
 Median :27.272   Median : -7.518   Median : 20.82   Median : 887.73  
 Mean   :25.752   Mean   : -9.338   Mean   : 19.26   Mean   : 947.13  
 3rd Qu.:29.800   3rd Qu.:  0.469   3rd Qu.: 23.66   3rd Qu.:1286.62  
 Max.   :40.740   Max.   : 24.800   Max.   : 34.51   Max.   :1922.68  
 prec_wet_quart    prec_season    
 Min.   :   9.0   Min.   : 12.68  
 1st Qu.: 199.0   1st Qu.: 50.14  
 Median : 420.0   Median : 75.39  
 Mean   : 478.5   Mean   : 77.32  
 3rd Qu.: 664.0   3rd Qu.:102.31  
 Max.   :3492.0   Max.   :163.45  

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

On visualise les pseudo-absences :

Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 12.5: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

$data.vect
 class       : SpatVector 
 geometry    : points 
 dimensions  : 3583, 2  (geometries, attributes)
 extent      : 68.02083, 147.6042, 3.020833, 56.97917  (xmin, xmax, ymin, ymax)
 coord. ref. :  
 names       :  resp         dataset
 type        : <num>           <chr>
 values      :    10 Initial dataset
                  10 Initial dataset
                  10 Initial dataset

$data.label
                              9                              10 
                "**Presences**"       "Presences (calibration)" 
                             11                              12 
       "Presences (validation)"        "Presences (evaluation)" 
                             19                              20 
            "**True Absences**"   "True Absences (calibration)" 
                             21                              22 
   "True Absences (validation)"    "True Absences (evaluation)" 
                             29                              30 
          "**Pseudo-Absences**" "Pseudo-Absences (calibration)" 
                             31                               1 
 "Pseudo-Absences (validation)"                    "Background" 

$data.plot
Les données d'occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

Figure 12.6: Les données d’occurrences (en haut à gauche) et les trois jeux de données aléatoires de pseudo-absences.

12.2.2 Modèles individuels de niche


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Build Single Models -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


Checking Models arguments...

Creating suitable Workdir...

            ! Weights where automatically defined for prse_PA1 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prse_PA2 to rise a 0.5 prevalence !
            ! Weights where automatically defined for prse_PA3 to rise a 0.5 prevalence !


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= prse Modeling Summary -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

 6  environmental variables ( temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season prec_wet_quart prec_season )
Number of evaluation repetitions : 1
Models selected : GAM MARS MAXNET GBM ANN RF 

Total number of model runs: 18 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=


-=-=-=- Run :  prse_PA1 


-=-=-=--=-=-=- prse_PA1_RUN1 


-=-=-=- Run :  prse_PA2 


-=-=-=--=-=-=- prse_PA2_RUN1 


-=-=-=- Run :  prse_PA3 


-=-=-=--=-=-=- prse_PA3_RUN1 

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= Done -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

12.2.2.1 Évaluation de la performance

             full.name  PA  run   algo metric.eval cutoff sensitivity
1    prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         TSS  571.0      99.756
2    prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1    GAM         ROC  572.5      99.756
3   prse_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         TSS  646.0      97.800
4   prse_PA1_RUN1_MARS PA1 RUN1   MARS         ROC  652.5      97.800
5 prse_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         TSS  394.0      98.044
6 prse_PA1_RUN1_MAXNET PA1 RUN1 MAXNET         ROC  392.5      98.044
  specificity calibration validation evaluation
1      68.780       0.685      0.660         NA
2      68.780       0.780      0.743         NA
3      95.854       0.937      0.942         NA
4      96.098       0.988      0.985         NA
5      93.171       0.912      0.922         NA
6      93.171       0.987      0.986         NA
Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

Figure 12.7: Évaluation de la performance des modèles individuels : True Skill Statistic & aire sous la courbe de ROC.

12.2.2.2 Importance des variables environnementales

          full.name  PA  run algo        expl.var rand  var.imp
1 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM temp_max_august    1 0.347858
2 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM        temp_min    1 0.180467
3 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  temp_wet_quart    1 0.019370
4 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     temp_season    1 0.907757
5 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM  prec_wet_quart    1 0.364550
6 prse_PA1_RUN1_GAM PA1 RUN1  GAM     prec_season    1 0.019710
Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Figure 12.8: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par algorithme.

Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

Figure 12.9: Pourcentage de variance expliquée pour chaque variable, décomposé par variable.

12.2.2.3 Courbes de réponses

Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l'algorithme (en couleurs).

Figure 12.10: Courbes de réponse de chaque variable climatique selon l’algorithme (en couleurs).

12.2.3 Modèles d’ensemble de niche

Seulement modèles avec TSS > 0.8


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.ensemble.models.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

sp.name : prse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


models computed: 
prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

models failed: none

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

12.2.3.1 Évaluation de la qualité

                                          full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by    algo metric.eval cutoff sensitivity specificity
1     mergedAlgo         TSS EMwmean         TSS  667.0      97.456      97.401
2     mergedAlgo         TSS EMwmean         ROC  669.5      97.456      97.401
  calibration validation evaluation
1       0.949         NA         NA
2       0.995         NA         NA
Évaluation de la qualité du modèle d'ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

Figure 12.11: Évaluation de la qualité du modèle d’ensemble : Aire sous la courbe de ROC & True Skill Statistic.

                                       full.name merged.by.PA merged.by.run
1 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
2 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
3 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
4 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
5 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
6 prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo   mergedData     mergedRun
  merged.by.algo filtered.by algo        expl.var rand  var.imp
1     mergedAlgo         TSS EMcv temp_max_august    1 0.071954
2     mergedAlgo         TSS EMcv        temp_min    1 0.357430
3     mergedAlgo         TSS EMcv  temp_wet_quart    1 0.048524
4     mergedAlgo         TSS EMcv     temp_season    1 0.160472
5     mergedAlgo         TSS EMcv  prec_wet_quart    1 0.281863
6     mergedAlgo         TSS EMcv     prec_season    1 0.073209

Par variable :

Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d'ensemble.

Figure 12.12: Pourcentage de variance expliquée par variable dans le modèle d’ensemble.

Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d'ensemble.

Figure 12.13: Courbes de réponse de chaque variable climatique dans le modèle d’ensemble.

12.3 Projections

12.3.1 Distribution potentielle contemporaine

Contemporaine : Cartographie des observations sur couches climatiques Extraction des conditions climatiques favorables


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prse/current


sp.name : prse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prse/prse.AllModels.models.out )

models.projected : 
prse_PA1_RUN1_GAM, prse_PA1_RUN1_MARS, prse_PA1_RUN1_MAXNET, prse_PA1_RUN1_GBM, prse_PA1_RUN1_RF, prse_PA2_RUN1_GAM, prse_PA2_RUN1_MARS, prse_PA2_RUN1_MAXNET, prse_PA2_RUN1_GBM, prse_PA2_RUN1_ANN, prse_PA2_RUN1_RF, prse_PA3_RUN1_GAM, prse_PA3_RUN1_MARS, prse_PA3_RUN1_MAXNET, prse_PA3_RUN1_GBM, prse_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 12.14: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l'Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 12.15: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur l’Europe, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prse/current


sp.name : prse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prse/prse.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 12.16: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) ; B) Incertitude associée à la projection.

12.3.2 Interpolation à l’échelle de la métropole

  • → conditions climatiques favorables à fine échelle

On projette la niche climatique sur ce raster à fine échelle.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prse/cont_gre


sp.name : prse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prse/prse.AllModels.models.out )

models.projected : 
prse_PA1_RUN1_GAM, prse_PA1_RUN1_MARS, prse_PA1_RUN1_MAXNET, prse_PA1_RUN1_GBM, prse_PA1_RUN1_RF, prse_PA2_RUN1_GAM, prse_PA2_RUN1_MARS, prse_PA2_RUN1_MAXNET, prse_PA2_RUN1_GBM, prse_PA2_RUN1_ANN, prse_PA2_RUN1_RF, prse_PA3_RUN1_GAM, prse_PA3_RUN1_MARS, prse_PA3_RUN1_MAXNET, prse_PA3_RUN1_GBM, prse_PA3_RUN1_RF

available binary projection : TSS, ROC

available filtered projection : TSS, ROC

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 12.17: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.

Figure 12.18: Projection de la distribution potentielle contemporaine sur la métropole de Grenoble, selon les 6 algorithmes et les 3 runs.


-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-= BIOMOD.projection.out -=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=

Projection directory : Output/prse/cont_gre


sp.name : prse

expl.var.names : temp_max_august temp_min temp_wet_quart temp_season 
prec_wet_quart prec_season


modeling.id : AllModels ( Output/prse/prse.AllModels.ensemble.models.out )

models.projected : 
prse_EMcvByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo, prse_EMwmeanByTSS_mergedData_mergedRun_mergedAlgo

-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=-=
A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d'ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

Figure 12.19: A) Projection de la distribution potentielle contemporaine (modèle d’ensemble) sur la métropole de Grenoble ; B) Incertitude associée à la projection.

12.3.3 Distributions potentielles futures

Futur : Projection à l’échelle de l’Europe jusqu’à l’horizon 2100

Toutes les fenêtres temporelles × scénarios pour le GCM « IPSL-CM6A-LR »

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d'ensemble).

Figure 12.20: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP1-2.6 (modèle d’ensemble).

On obtient pour la métrique TSS une carte unique de moyenne pondérée sur les algorithmes et sur les jeux de pseudo-absences.

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d'ensemble).

Figure 12.21: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP2-4.5 (modèle d’ensemble).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d'ensemble).

Figure 12.22: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP3-7.0 (modèle d’ensemble).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).Projection des distributions potentielles futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble).

Figure 12.23: Projection des distributions potentielles futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble).

12.4 Inférence à l’échelle de la métropole

  • Croisement avec températures de surface 2019 (fournie par la métropole)
  • → conditions climatiques favorables à fine échelle
  • à peu près 7 pixels × 9 (WorldClim)

12.4.1 Distributions potentielles futures

Même chose que précédemment mais sur les rasters de Grenoble

  1. SSP1-2.6
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 12.24: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP2-4.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 12.25: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP3-7.0
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 12.26: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

  1. SSP5-8.5
Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu'à l'horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d'ensemble, GCM IPSL).

Figure 12.27: Projection des distributions potentielles contemporaine et futures jusqu’à l’horizon 2100 sous le scénario SSP5-8.5 (modèle d’ensemble, GCM IPSL).

12.4.2 Évolution temporelle

# A tibble: 17 × 8
   min         q1          median      mean        q3          max   ssp    year
   <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <table[1d]> <tab> <fct> <dbl>
 1 103         138         158         172.9908    198         472   0      2000
 2 105         133         153         161.1383    176         415   126    2040
 3  94         122         141         145.6552    159         380   126    2060
 4  96         129         153         163.3230    179         493   126    2080
 5  94         123         144         154.4991    166         469   126    2100
 6  99         130         154         162.8516    181         411   245    2040
 7  96         129         154         159.0299    176         442   245    2060
 8  92         111         148         149.0913    172         344   245    2080
 9  90         102         140         138.7661    155         364   245    2100
10 106         135         156         163.0060    179         414   370    2040
11  93         120         144         146.7284    162         373   370    2060
12  88          97         134         127.1822    146         263   370    2080
13  83          91         103         114.3961    130         266   370    2100
14 101         131         153         164.4581    179         489   585    2040
15  91         113         145         149.3250    169         399   585    2060
16  88          96         121         126.3022    146         342   585    2080
17  82          93          97         104.9988    110         225   585    2100
Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l'étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.

Figure 12.28: Évolution de la favorabilité climatique au cours du XXIème siècle. Le point représente la médiane sur l’étendue de la métropole (i.e. tous les pixels de la carte) ; le trait gras représente 50 % des données intermédiaires (espace inter-quartile) ; le trait fin représente le reste des données du minimum au maximum.